39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_4855 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011353  ECH74115_4855  transcriptional regulator DctR  100 
 
 
176 aa  357  3e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03355  predicted DNA-binding ranscriptional regulator  99.43 
 
 
176 aa  355  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.356816  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0207  transcriptional regulator, LuxR family  99.43 
 
 
176 aa  355  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03308  hypothetical protein  99.43 
 
 
176 aa  355  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.467905  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0210  LuxR family transcriptional regulator  99.43 
 
 
176 aa  355  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0333498 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3709  transcriptional regulator DctR  99.43 
 
 
176 aa  355  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000297163  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3993  transcriptional regulator DctR  99.43 
 
 
176 aa  355  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3905  transcriptional regulator DctR  98.3 
 
 
176 aa  352  2e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3800  transcriptional regulator DctR  97.73 
 
 
176 aa  351  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.202251 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03360  DNA-binding transcriptional activator  23.95 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03313  hypothetical protein  23.95 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4871  transcriptional regulator GadE  23.95 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.904835 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3814  transcriptional regulator GadE  23.95 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.050045 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0205  LuxR family transcriptional regulator  23.95 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0644675 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3998  transcriptional regulator GadE  23.95 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3714  transcriptional regulator GadE  23.95 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0117087  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0202  transcriptional regulator, LuxR family  23.95 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3910  transcriptional regulator GadE  23.95 
 
 
175 aa  65.5  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3979  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.91 
 
 
220 aa  46.2  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487116  normal  0.704163 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1981  transcriptional regulatory protein DegU, putative  44.44 
 
 
218 aa  45.4  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1954  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 
220 aa  44.3  0.0008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.76 
 
 
215 aa  43.5  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 
218 aa  43.5  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  24.18 
 
 
215 aa  43.5  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0678517  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
214 aa  43.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  23.18 
 
 
217 aa  42.4  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2295  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 
222 aa  42.4  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.031577  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
212 aa  42.4  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1928  two component LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
487 aa  42  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.793322  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3938  two component LuxR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
218 aa  42.4  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.189042  normal  0.262256 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
215 aa  42  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.62 
 
 
210 aa  41.6  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06170  response regulator  23.72 
 
 
210 aa  41.6  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624626  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0894  two component LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
217 aa  41.6  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00996  response regulator  23.72 
 
 
210 aa  41.6  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0885199  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2415  two component LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
217 aa  41.6  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2463  response regulator receiver  40.74 
 
 
217 aa  41.6  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
214 aa  41.6  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3163  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
203 aa  41.2  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.932633  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>