More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3084 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3084  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  100 
 
 
325 aa  616  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.372213  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0435  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  67.3 
 
 
316 aa  360  2e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0743  translation factor SUA5  66.89 
 
 
312 aa  354  1e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2399  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  66.89 
 
 
312 aa  352  4e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2463  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.38 
 
 
312 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3060  translation factor SUA5  61.83 
 
 
323 aa  321  9.999999999999999e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  59.81 
 
 
322 aa  315  5e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0774  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.28 
 
 
320 aa  314  9.999999999999999e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.902931  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  59.81 
 
 
335 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  57.56 
 
 
327 aa  311  1e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4587  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.77 
 
 
329 aa  306  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  59.42 
 
 
326 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3049  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.57 
 
 
323 aa  302  4.0000000000000003e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.268552  normal  0.430459 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0227  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.37 
 
 
322 aa  299  5e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2696  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  55.93 
 
 
328 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  56.55 
 
 
314 aa  285  8e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.44 
 
 
345 aa  283  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  56.37 
 
 
327 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.34 
 
 
326 aa  281  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4473  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  59.47 
 
 
329 aa  280  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0405  Sua5/YciO/YrdC family protein  52 
 
 
323 aa  277  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4009  hypothetical protein  57.96 
 
 
328 aa  277  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0445  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.66 
 
 
328 aa  276  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4105  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  59.14 
 
 
329 aa  276  4e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854949  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0414  Sua5/YciO/YrdC family protein  51.69 
 
 
323 aa  276  4e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395003  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0715  translation factor SUA5  54.1 
 
 
318 aa  275  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  56.72 
 
 
333 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1132  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  56.82 
 
 
329 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.763244 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3830  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.88 
 
 
332 aa  273  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.905115 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0389  Sua5/YciO/YrdC family protein  47.63 
 
 
320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.50354  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0075  translation factor SUA5  55.41 
 
 
313 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1247  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  57 
 
 
330 aa  268  8e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0126  translation factor SUA5  54.72 
 
 
315 aa  267  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0524  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.78 
 
 
332 aa  267  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1769  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  57.73 
 
 
315 aa  263  4e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.406307 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2369  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.05 
 
 
330 aa  261  8e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4486  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.93 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.503081 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0976  hypothetical protein  48.52 
 
 
323 aa  249  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0594  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.17 
 
 
324 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120581  normal  0.895593 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0547  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.84 
 
 
324 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373463  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2418  translation factor SUA5  45.57 
 
 
321 aa  241  2e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.85919  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.94 
 
 
324 aa  238  1e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0481  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.93 
 
 
324 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0016  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.18 
 
 
323 aa  233  3e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0224928  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.14 
 
 
349 aa  229  6e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.1 
 
 
346 aa  228  1e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.56 
 
 
316 aa  225  8e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  42.59 
 
 
346 aa  224  1e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.96 
 
 
331 aa  224  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  42.59 
 
 
346 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  42.59 
 
 
346 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  42.59 
 
 
346 aa  224  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  42.59 
 
 
346 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  42.59 
 
 
346 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.14 
 
 
347 aa  224  2e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  42.59 
 
 
346 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.9 
 
 
349 aa  223  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  43.48 
 
 
346 aa  223  4e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  42.86 
 
 
346 aa  222  7e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.45 
 
 
327 aa  221  9e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.45 
 
 
358 aa  221  9.999999999999999e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2287  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.56 
 
 
346 aa  219  5e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.036585  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0020  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.55 
 
 
317 aa  218  1e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857779  normal  0.7385 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0400  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.67 
 
 
345 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  37.76 
 
 
325 aa  217  2e-55  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.34 
 
 
348 aa  216  4e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1782  translation factor SUA5  38.97 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.29 
 
 
354 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.09 
 
 
348 aa  207  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  46.63 
 
 
321 aa  206  4e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.86 
 
 
354 aa  205  9e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1749  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.79 
 
 
345 aa  204  1e-51  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.172136  normal  0.622284 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  44.11 
 
 
352 aa  204  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0454  translation factor SUA5  38.2 
 
 
342 aa  204  2e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1246  putative translation factor (SUA5)  40.19 
 
 
334 aa  204  2e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.377442  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0378  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.97 
 
 
349 aa  204  2e-51  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.606167  normal  0.126735 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.69 
 
 
364 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1857  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.23 
 
 
322 aa  203  3e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1580  translation factor SUA5  39.26 
 
 
337 aa  203  3e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2011  translation factor SUA5  40.25 
 
 
350 aa  201  9.999999999999999e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  37.86 
 
 
351 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.5 
 
 
341 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.84 
 
 
338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4321  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.29 
 
 
356 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.550799 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  42.5 
 
 
328 aa  200  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.5 
 
 
328 aa  200  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.8 
 
 
342 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3747  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.72 
 
 
352 aa  199  5e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.585251  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2011  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  46.69 
 
 
342 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2622  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.69 
 
 
342 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.378273  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4186  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.51 
 
 
355 aa  199  7e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302621  hitchhiker  0.00000330857 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.8 
 
 
335 aa  199  7e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138931  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2542  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.32 
 
 
342 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.636354  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.61 
 
 
335 aa  198  9e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2023  translation factor SUA5  44.27 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.161833  normal  0.111129 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0257  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.34 
 
 
359 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00354892  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0598  hypothetical protein  42.09 
 
 
329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0695  translation factor SUA5  45.12 
 
 
346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274507  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2651  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.69 
 
 
342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.654843  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.32 
 
 
348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>