More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1956 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 120 aa  243  8e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  57.52 
 
 		 119 aa  145  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 125 aa  136  7.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  49.56 
 
 		 121 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 126 aa  124  3e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  49.12 
 
 		 127 aa  125  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  50.44 
 
 		 118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  52.25 
 
 		 118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  50.44 
 
 		 118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  52.25 
 
 		 118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  52.25 
 
 		 118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  50.89 
 
 		 118 aa  123  7e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  50.46 
 
 		 119 aa  123  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  49.56 
 
 		 118 aa  121  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  49.56 
 
 		 118 aa  121  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  49.56 
 
 		 118 aa  121  4e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  49.56 
 
 		 118 aa  120  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  49.55 
 
 		 118 aa  120  9e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  49.55 
 
 		 118 aa  120  9e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  46.79 
 
 		 122 aa  119  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  49.57 
 
 		 118 aa  118  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  41.03 
 
 		 131 aa  117  3.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  44.25 
 
 		 130 aa  117  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  44.25 
 
 		 116 aa  117  4.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  45.61 
 
 		 122 aa  117  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  44.64 
 
 		 123 aa  115  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  44.86 
 
 		 116 aa  114  3e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  47.83 
 
 		 118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  42.02 
 
 		 119 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 117 aa  111  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  45.05 
 
 		 116 aa  110  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  45.05 
 
 		 116 aa  110  5e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 		 119 aa  107  6e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  45.19 
 
 		 129 aa  107  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 		 119 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  40.52 
 
 		 122 aa  107  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 121 aa  106  8.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 		 124 aa  106  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  42.86 
 
 		 122 aa  104  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  42.24 
 
 		 132 aa  103  6e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  40.17 
 
 		 141 aa  103  6e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  38.33 
 
 		 128 aa  103  9e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  40.83 
 
 		 122 aa  103  9e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  43.86 
 
 		 140 aa  103  1e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  41.03 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  46.3 
 
 		 131 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  41.74 
 
 		 134 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 		 132 aa  101  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 121 aa  101  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  41.59 
 
 		 123 aa  100  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  43.97 
 
 		 137 aa  100  6e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 		 127 aa  100  6e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 133 aa  99.8  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 		 138 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 138 aa  99  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 134 aa  98.6  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  44.34 
 
 		 128 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 		 132 aa  99  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  40.87 
 
 		 129 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 133 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  42.98 
 
 		 117 aa  97.1  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  41.07 
 
 		 142 aa  97.1  8e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 146 aa  97.1  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 126 aa  96.7  9e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 132 aa  96.7  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 133 aa  95.9  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  39.64 
 
 		 139 aa  96.3  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  40.52 
 
 		 129 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 		 126 aa  96.7  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  43.44 
 
 		 123 aa  96.7  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 133 aa  95.9  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  41.12 
 
 		 129 aa  95.9  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 156 aa  95.5  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 123 aa  94.7  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  38.32 
 
 		 147 aa  95.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 146 aa  94.7  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 146 aa  95.1  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  42.73 
 
 		 131 aa  94.7  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 147 aa  94.7  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  41.07 
 
 		 137 aa  94.7  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 132 aa  94.7  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 133 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 130 aa  93.6  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 138 aa  94  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 133 aa  93.6  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 133 aa  93.6  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  39.64 
 
 		 123 aa  93.6  9e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 136 aa  92.8  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 130 aa  92.8  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  38.33 
 
 		 126 aa  92.4  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 		 123 aa  92.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 138 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>