More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0030 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0030  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.410556  normal  0.490456 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0002  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.594163  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0045  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.207036  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet03  tRNA-Met  91.89 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.02291 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07715  tRNA-Met  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.461139  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0074  tRNA-Met  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0141721  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0062  tRNA-Met  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0560501  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0006  tRNA-Met  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0064  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.208195 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0091  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0093  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0112  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0098  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.514232  decreased coverage  0.00128262 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0018  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.721782  hitchhiker  0.000298186 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0099  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.69188  decreased coverage  0.00129939 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0021  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313815 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0102  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.872773  hitchhiker  0.00341362 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0107  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0531774  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0108  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0137063  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0083  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0208848  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0023  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00031593 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4588  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0020  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000296259 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0090  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0026  tRNA-Met  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000815309  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0100  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.925668  decreased coverage  0.00140231 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0082  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0195288  normal  0.0518693 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0080  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  normal  0.0862038 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0101  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.893911  decreased coverage  0.00145589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0092  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0078  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0079  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0022  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030404 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0078  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0634809  normal  0.33041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0079  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.060888  normal  0.335766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52320  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.873423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0110  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0138501  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0074  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.291778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0075  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.188709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0076  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.195191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0019  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000306016 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0083  tRNA-Met  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0005  tRNA-Met  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.208114  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0229  tRNA-Met  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0489  tRNA-Met  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.107964  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0228  tRNA-Met  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.883109  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0093  tRNA-Met  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0094  tRNA-Met  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0095  tRNA-Met  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0096  tRNA-Met  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0097  tRNA-Met  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0061  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0043  tRNA-Met  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0089  tRNA-Met  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014219  hitchhiker  0.00718403 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26130  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0064  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0037637  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0061  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.000243294 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0065  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0014321  hitchhiker  0.000837814 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0038  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0258342  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t029  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t030  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0067  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00450958  hitchhiker  0.000893697 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2749  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000330212  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0633  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.811273  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0062  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124144  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0063  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00314729  hitchhiker  0.000241423 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0083  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000703171  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0034  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0007  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0026  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  6.52648e-26  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0014  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0042  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.324618  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0086  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0019  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0324694  normal  0.0212218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0024  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0473  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0024  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264757  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0048  tRNA-Met  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00409102  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0038  tRNA-Met  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0001  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.274994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0014  tRNA-Met  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000138583  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0002  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0017  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0002  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0002  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.287146 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0002  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0039  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0002  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0029  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603612  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0012  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.112019  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0005  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0019  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.904201 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0054  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0040  tRNA-Met  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-1  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-2  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0048  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0036  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0042  tRNA-Met  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00068414  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0036  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000106815  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>