More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_t029 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_t029  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t030  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0038  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0258342  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0080  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  normal  0.0862038 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0099  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.69188  decreased coverage  0.00129939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0091  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0082  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0195288  normal  0.0518693 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0098  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.514232  decreased coverage  0.00128262 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0078  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0079  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0101  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.893911  decreased coverage  0.00145589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0078  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0634809  normal  0.33041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0079  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.060888  normal  0.335766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0074  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.291778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0075  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.188709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0076  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.195191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0076  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000117195  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0102  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.872773  hitchhiker  0.00341362 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0090  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4588  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0107  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0531774  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0108  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0137063  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0110  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0138501  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t027  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t028  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0084  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0249486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0112  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0086  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0253829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0083  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0208848  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0100  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.925668  decreased coverage  0.00140231 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0076  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0077  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0076  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0631311  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0077  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0092  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0093  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0036  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0763298  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0074  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000142028  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0073  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000821998  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0056  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0057  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0058  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0037  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0039  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0085  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0231321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2749  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000330212  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0063  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00364456  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0064  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00380472  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0065  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00366622  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t058  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0442009  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t057  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0444035  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52320  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.873423 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0089  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0062  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124144  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0087  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0063  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00314729  hitchhiker  0.000241423 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0075  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000125348  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0067  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00450958  hitchhiker  0.000893697 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2751  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.74519e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0060  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00315069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0087  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0088  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0086  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0096  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0067  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.51245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0005  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.098649 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0079  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0080  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0081  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0082  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0085  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0633  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.811273  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet01  tRNA-Met  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0068  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0094  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0064  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0037637  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0066  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.508112 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0065  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0014321  hitchhiker  0.000837814 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0061  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.000243294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0077  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0066  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00171075  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t056  tRNA-Met  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0248114  hitchhiker  0.000277414 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t055  tRNA-Met  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00625421  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t052  tRNA-Met  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00629284  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t054  tRNA-Met  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00636739  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0067  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00910637  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00106  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t20  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t21  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.929241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t22  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t71  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0872657  hitchhiker  0.00727048 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00110  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00100  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t53  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t54  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243475  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t56  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189804  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>