298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_R0046 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2818  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000985587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0969  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000352025  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1149  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000101348  hitchhiker  0.0000000000000214207 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 89 bp  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00032  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000331013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0043  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0020807  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0048  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171886  normal  0.292826 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2165  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  99.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00542927  normal  0.154256 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4672  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  99.6  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000507057  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2218  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  99.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00379666  normal  0.543792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5040  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2065  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  99.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000178932  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2161  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  99.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000713726  normal  0.978327 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  89.74 
 
 		 126 bp  91.7  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0057  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0041  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0066  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.75993  normal  0.681656 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0043  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  88.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0083  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712172 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0040  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565956  normal  0.627956 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0064  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0033  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000268817  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0002  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0032  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0576643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>