More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2185 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2185  30S ribosomal protein S18  100 
 
 		 94 aa  188  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000547556  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0075  30S ribosomal protein S18  68.75 
 
 		 96 aa  140  5e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000152962  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0057  30S ribosomal protein S18  69.07 
 
 		 97 aa  137  7e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000101407  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2976  30S ribosomal protein S18  75.95 
 
 		 80 aa  125  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000357277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2654  30S ribosomal protein S18  75.95 
 
 		 80 aa  125  3e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000000144955  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4934  30S ribosomal protein S18  81.25 
 
 		 76 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000030625  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2392  30S ribosomal protein S18  76.56 
 
 		 88 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000479009  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4353  30S ribosomal protein S18  78.12 
 
 		 76 aa  113  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0130  30S ribosomal protein S18  78.12 
 
 		 75 aa  113  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00643171  normal  0.424629 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3772  30S ribosomal protein S18  63.16 
 
 		 91 aa  111  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000165464  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2214  ribosomal protein S18  73.44 
 
 		 75 aa  108  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2914  SSU ribosomal protein S18P  67.14 
 
 		 74 aa  107  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000742104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2136  ribosomal protein S18  70.31 
 
 		 76 aa  105  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146821  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2928  ribosomal protein S18  70.31 
 
 		 76 aa  106  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.296568  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3306  30S ribosomal protein S18  68.75 
 
 		 77 aa  105  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0014501  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1361  ribosomal protein S18  58.23 
 
 		 84 aa  105  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314469  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0652  ribosomal protein S18  71.88 
 
 		 81 aa  104  5e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.144122  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2538  ribosomal protein S18  69.84 
 
 		 74 aa  103  9e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000029732  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2095  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 		 92 aa  103  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000537782  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1528  30S ribosomal protein S18  67.16 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.602669  normal  0.0304472 
 
 
-
 
NC_002936  DET1044  30S ribosomal protein S18  65.67 
 
 		 147 aa  99.8  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000893397  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0927  30S ribosomal protein S18  65.67 
 
 		 147 aa  99  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000227736  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_915  ribosomal protein S18  65.67 
 
 		 147 aa  98.6  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000043534  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3187  ribosomal protein S18  67.19 
 
 		 81 aa  97.4  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.296544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4520  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 		 78 aa  97.1  7e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.30336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3400  30S ribosomal protein S18  65.62 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.612251  normal  0.528873 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3415  30S ribosomal protein S18  64.29 
 
 		 78 aa  96.7  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000533335  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5623  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00085236  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5599  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00341857  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5336  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000178788  hitchhiker  0.000000190479 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5660  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000002548  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3677  30S ribosomal protein S18  65.67 
 
 		 91 aa  95.5  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0799478  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0121  30S ribosomal protein S18  60.32 
 
 		 143 aa  94.7  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.184225  normal  0.109156 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5265  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  94.7  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0224612  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5325  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  94.7  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0312656  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5153  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  94.7  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000135632  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5169  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  94.7  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00278275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5582  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  94.7  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.46232e-17 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5721  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  94.7  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000587708  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0135  30S ribosomal protein S18  61.9 
 
 		 133 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0124  30S ribosomal protein S18  61.9 
 
 		 135 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0117  30S ribosomal protein S18  61.9 
 
 		 135 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3544  30S ribosomal protein S18  67.19 
 
 		 78 aa  94.7  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7310  30S ribosomal protein S18  58.57 
 
 		 78 aa  94.4  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.879868  normal  0.0299055 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2763  30S ribosomal protein S18  66.67 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3559  30S ribosomal protein S18  58.57 
 
 		 78 aa  93.6  8e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.842484 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1477  30S ribosomal protein S18  66.67 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00897037 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0046  30S ribosomal protein S18  65.08 
 
 		 80 aa  93.6  9e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0780  ribosomal protein S18  57.58 
 
 		 116 aa  93.6  9e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0335  ribosomal protein S18  57.14 
 
 		 78 aa  93.2  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.793411 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1998  ribosomal protein S18  52.33 
 
 		 91 aa  92.8  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.471934  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4505  ribosomal protein S18  60 
 
 		 105 aa  93.2  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23340  ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 70 aa  93.2  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000096386  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4012  30S ribosomal protein S18  59.7 
 
 		 77 aa  92.8  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211645  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2608  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 110 aa  92.4  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0426  30S ribosomal protein S18  63.49 
 
 		 80 aa  92.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000528471  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0415  30S ribosomal protein S18  63.49 
 
 		 80 aa  92.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000675119  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4662  30S ribosomal protein S18  55.71 
 
 		 78 aa  92  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9355  30S ribosomal protein S18  57.14 
 
 		 78 aa  91.7  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.792157 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2843  30S ribosomal protein S18  62.12 
 
 		 106 aa  91.3  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000270954  hitchhiker  0.0000000000000931425 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1363  ribosomal protein S18  62.12 
 
 		 75 aa  90.9  5e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.143055  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2460  SSU ribosomal protein S18P  62.5 
 
 		 106 aa  90.9  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168294 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0666  30S ribosomal protein S18  60.61 
 
 		 103 aa  90.9  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1676  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 89 aa  89.4  1e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000000141185  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0673  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 76 aa  89.7  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00258481  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4536  30S ribosomal protein S18  56.06 
 
 		 123 aa  89.4  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298082  normal  0.325201 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3421  ribosomal protein S18  61.54 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0759  30S ribosomal protein S18  56.72 
 
 		 94 aa  88.2  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000168995  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0638  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 75 aa  87.8  4e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000348226  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2379  ribosomal protein S18  47.25 
 
 		 112 aa  87.4  5e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.5089799999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0009  30S ribosomal protein S18  62.12 
 
 		 83 aa  87.4  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.99289  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0021  ribosomal protein S18  54.41 
 
 		 90 aa  87.4  6e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00224831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3062  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87.4  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382795  normal  0.211294 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04069  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3791  ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00509801  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0776  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000892175  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4446  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4735  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260572  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4753  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0729519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4789  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0963003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0796  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000510602  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5717  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.375297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0373  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0319671  normal  0.0301658 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3811  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0521651 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4811  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0274683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4763  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04031  hypothetical protein  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4661  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.13301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4672  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.998059 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4671  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00669693  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0560  30S ribosomal protein S18  56.16 
 
 		 76 aa  87  9e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.152801  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3282  30S ribosomal protein S18  60 
 
 		 75 aa  86.7  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0561913  hitchhiker  0.000203056 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10054  30S ribosomal protein S18  54.05 
 
 		 84 aa  86.7  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000781394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1436  30S ribosomal protein S18  61.54 
 
 		 75 aa  86.7  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00709518  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5912  ribosomal protein S18  51.47 
 
 		 108 aa  86.7  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1691  ribosomal protein S18  62.5 
 
 		 79 aa  85.5  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0755  30S ribosomal protein S18  58.46 
 
 		 75 aa  85.5  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000506389  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0713  30S ribosomal protein S18  58.46 
 
 		 75 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.348938  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0703  30S ribosomal protein S18  58.46 
 
 		 75 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000172761  hitchhiker  0.00040257 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0734  30S ribosomal protein S18  58.46 
 
 		 75 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0213573  hitchhiker  0.0000000101296 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>