45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0042 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0042  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0043  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0044  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0045  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00000955688  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0017  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.253247  normal  0.0276593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0010  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.354974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0003  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.685555 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0005  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.210303  normal  0.0896223 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0024  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0300138 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0025  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022777  normal  0.365666 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0604  tRNA-Lys  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.398612  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1160  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.155543  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0052  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0050  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet03  tRNA-Met  90.7 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00892587  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000264887  normal  0.61678 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0006  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000670589  normal  0.608185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0019  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00642302  normal  0.417435 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0047  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000120513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0036  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0219325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2220  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2177  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0002  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0001  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0063  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.109202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0062  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.100557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0104  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>