36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_R0010 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_R0010  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.354974  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0017  tRNA-Lys  98.57 
 
 
76 bp  131  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.253247  normal  0.0276593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0003  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.685555 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0005  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.210303  normal  0.0896223 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0068  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.437414  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0067  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0078  tRNA-Lys  96.67 
 
 
73 bp  103  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000025771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0066  tRNA-Lys  96.67 
 
 
76 bp  103  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0081  tRNA-Lys  96.67 
 
 
73 bp  103  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0025  tRNA-Lys  95 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022777  normal  0.365666 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0024  tRNA-Lys  95 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0300138 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLys02  tRNA-Lys  91.67 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.367993 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLys01  tRNA-Lys  91.67 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.367993 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0044  tRNA-Lys  89.06 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0043  tRNA-Lys  89.06 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0006  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.303657  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0065  tRNA-Lys  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0030  tRNA-Lys  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0069  tRNA-Lys  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.989789  normal  0.0574116 
 
 
-
 
NC_002950  PGt34  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0042  tRNA-Lys  88.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  86.67 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0031  tRNA-Lys  86.67 
 
 
73 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0843462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  86.67 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  86.67 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0023  tRNA-Lys  87.3 
 
 
75 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0058  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1160  tRNA-Lys  86.54 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.155543  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0004  tRNA-Lys  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21987  normal  0.244967 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 
1563 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>