43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0003 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0005  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.210303  normal  0.0896223 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0003  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.685555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0081  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0078  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000025771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0068  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.437414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0067  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0066  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0017  tRNA-Lys  98.51 
 
 		 76 bp  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.253247  normal  0.0276593 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0025  tRNA-Lys  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022777  normal  0.365666 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0024  tRNA-Lys  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0300138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0010  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.354974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLys01  tRNA-Lys  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.367993 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLys02  tRNA-Lys  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.367993 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0031  tRNA-Lys  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0843462 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0006  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.303657  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0069  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.989789  normal  0.0574116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0065  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0030  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0044  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0043  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt34  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  86.15 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0042  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Val-3  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1767  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2091  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.872247  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1160  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.155543  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0004  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21987  normal  0.244967 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0023  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0034  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0058  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>