200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0019 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0019  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00642302  normal  0.417435 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13130  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0983321  normal  0.642579 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0052  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0125474  normal  0.521924 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0053  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000949911  hitchhiker  0.00166028 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06610  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.506381 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0032  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000101474  normal  0.0845198 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06600  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.513034 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26570  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000438766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0004  tRNA-Lys  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.912706  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0002  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0001  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0062  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.100557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0063  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.109202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01380  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0844385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0104  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0083  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0082  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0050  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0081  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0036  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1660  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0002  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.099087  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04002  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000208325  normal  0.100759 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569019  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0012  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0061328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0013  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0641793  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0338  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12303  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0083  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.456541  normal  0.8786 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0521  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0120  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1370  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598749  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0010  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00296143  hitchhiker  0.00854354 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0020  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0017  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143613  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0071  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0421157  hitchhiker  0.003467 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0017  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000270775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0018  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000139962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0050  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00633493  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0076  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41661  normal  0.163514 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0076  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000822229  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0073  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.576385  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0013  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00193967  normal  0.0198521 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0076  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.373863  normal  0.566101 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2817  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510108  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2266  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.279607  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0140  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0148  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530718  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2342  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108735  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0040  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_006368  lppt33  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt33  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna43  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0060  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0034  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.139081 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0033  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0010  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0028  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000473663  hitchhiker  0.000687264 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0040  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0060  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.845098  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0022  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0195324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  94.87 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0048  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.780393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1934  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.810073  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0008  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.40155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0047  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.361519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0023  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.051511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0045  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00000955688  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0004  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0048  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>