40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3908 on replicon NC_010578
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010578  Bind_3908    100 
 
 		 730 bp  1447    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95 
 
 		 843 bp  63.9  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  90.2 
 
 		 774 bp  61.9  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  90.2 
 
 		 774 bp  61.9  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  90.2 
 
 		 774 bp  61.9  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5331  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  94.59 
 
 		 771 bp  58  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.11 
 
 		 1005 bp  58  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.8 
 
 		 843 bp  58  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.44 
 
 		 753 bp  56  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.46 
 
 		 819 bp  56  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.5 
 
 		 765 bp  56  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.5 
 
 		 765 bp  56  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.29 
 
 		 903 bp  54  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.77 
 
 		 1011 bp  54  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  90.7 
 
 		 774 bp  54  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  96.67 
 
 		 840 bp  52  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1225  short chain dehydrogenase  96.67 
 
 		 831 bp  52  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1363  D-xylose dehydrogenase  90.48 
 
 		 807 bp  52  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879722  normal  0.999685 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.67 
 
 		 753 bp  52  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4550  Male sterility domain protein  96.67 
 
 		 1980 bp  52  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.838393 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.11 
 
 		 765 bp  52  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5106  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.12 
 
 		 789 bp  52  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311622  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17570  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  96.55 
 
 		 717 bp  50.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1750  Male sterility domain protein  96.55 
 
 		 1929 bp  50.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  91.89 
 
 		 750 bp  50.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.55 
 
 		 768 bp  50.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  90.24 
 
 		 732 bp  50.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  91.89 
 
 		 750 bp  50.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.94 
 
 		 810 bp  50.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000066443  unclonable  0.000000222131 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.43 
 
 		 789 bp  48.1  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1117  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 801 bp  48.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4322  short chain dehydrogenase  86.54 
 
 		 810 bp  48.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0577  superfamily I DNA and RNA helicase subunits-like protein  100 
 
 		 4893 bp  48.1  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 1845 bp  48.1  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.43 
 
 		 798 bp  48.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.64 
 
 		 747 bp  48.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00539118  normal  0.224466 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90 
 
 		 801 bp  48.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0573572  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.43 
 
 		 783 bp  48.1  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.13092  normal  0.0162871 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.43 
 
 		 765 bp  48.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.43 
 
 		 789 bp  48.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>