57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1905 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 		 421 aa  867    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  52.97 
 
 		 429 aa  440  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  51.73 
 
 		 432 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  50.37 
 
 		 421 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  50.12 
 
 		 421 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  50.62 
 
 		 421 aa  434  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  51.49 
 
 		 432 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  47.51 
 
 		 433 aa  403  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  48.52 
 
 		 435 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  46.53 
 
 		 427 aa  394  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  47.5 
 
 		 431 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  47.5 
 
 		 431 aa  391  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  47.52 
 
 		 435 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  46.45 
 
 		 429 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  47.03 
 
 		 426 aa  389  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  48.64 
 
 		 429 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  45.13 
 
 		 422 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  47.03 
 
 		 420 aa  384  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  46.5 
 
 		 415 aa  380  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  44.66 
 
 		 431 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  45.38 
 
 		 433 aa  375  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  37.08 
 
 		 398 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  36.36 
 
 		 398 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  35.06 
 
 		 428 aa  258  9e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  35.07 
 
 		 423 aa  255  1.0000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  35.56 
 
 		 412 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  38.52 
 
 		 405 aa  247  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  33.49 
 
 		 435 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  34.44 
 
 		 427 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  32.82 
 
 		 396 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  32.74 
 
 		 406 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  38.87 
 
 		 437 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  29.9 
 
 		 389 aa  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  32.22 
 
 		 392 aa  95.5  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.7 
 
 		 348 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.7 
 
 		 348 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  25.13 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 351 aa  53.1  0.000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  26.53 
 
 		 345 aa  53.1  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 		 343 aa  50.8  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  22.39 
 
 		 358 aa  48.9  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  28.16 
 
 		 361 aa  48.5  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.21 
 
 		 348 aa  47  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 343 aa  46.2  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 		 355 aa  46.2  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.27 
 
 		 345 aa  46.2  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.31 
 
 		 353 aa  44.3  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  24.88 
 
 		 412 aa  44.3  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  21.67 
 
 		 366 aa  43.9  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.86 
 
 		 348 aa  43.5  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.86 
 
 		 348 aa  43.5  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  26.86 
 
 		 348 aa  43.5  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  26.86 
 
 		 348 aa  43.5  0.008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.86 
 
 		 348 aa  43.5  0.008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.86 
 
 		 348 aa  43.5  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.86 
 
 		 348 aa  43.5  0.008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  22.29 
 
 		 414 aa  43.1  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>