50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0048 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214676 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12720  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  125  2e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.376956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27540  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00531398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0008  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0056  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 94 bp  65.9  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.124378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0029  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0030  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0060  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0021  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.690365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0043  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  0.0403391 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0030  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.924636  hitchhiker  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0038  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0662946  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0033  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0006  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.214474  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27990  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11590  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 96 bp  48.1  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 96 bp  48.1  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  82.61 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  86 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  86 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>