48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0881 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  100 
 
 		 192 aa  393  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  99.48 
 
 		 222 aa  391  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  67.21 
 
 		 244 aa  248  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  66.12 
 
 		 222 aa  246  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  64.89 
 
 		 222 aa  242  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  63.4 
 
 		 230 aa  238  4e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  63.49 
 
 		 225 aa  237  6.999999999999999e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  62.16 
 
 		 226 aa  225  4e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  49.46 
 
 		 219 aa  154  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  47.06 
 
 		 227 aa  153  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  49.21 
 
 		 232 aa  151  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.24 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  47.06 
 
 		 228 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.02 
 
 		 222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  41.49 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.5 
 
 		 220 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.62 
 
 		 222 aa  142  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  41.62 
 
 		 223 aa  141  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.78 
 
 		 234 aa  139  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  46.84 
 
 		 223 aa  137  7.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  43.24 
 
 		 218 aa  137  8.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  43.78 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.81 
 
 		 235 aa  135  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.02 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  42.08 
 
 		 243 aa  131  6.999999999999999e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  41.85 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.39 
 
 		 218 aa  129  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.59 
 
 		 236 aa  126  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.27 
 
 		 228 aa  124  6e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  40.22 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.46 
 
 		 212 aa  122  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.68 
 
 		 221 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.5 
 
 		 239 aa  120  9e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.67 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.67 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.13 
 
 		 214 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.67 
 
 		 221 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.58 
 
 		 220 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.46 
 
 		 222 aa  117  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.45 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  40 
 
 		 224 aa  98.2  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  39.08 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.12 
 
 		 117 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.94 
 
 		 117 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0768  hypothetical protein  33.33 
 
 		 159 aa  46.2  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0637  hypothetical protein  32.5 
 
 		 123 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0659  hypothetical protein  32.5 
 
 		 123 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0490503  normal  0.219182 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  30.88 
 
 		 224 aa  42  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>