57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05351 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000537  autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP precursor  83.84 
 
 		 365 aa  658    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.299826  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05351  ABC-type sugar transport system periplasmic protein  100 
 
 		 365 aa  761    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0673  luxP protein  62.91 
 
 		 364 aa  483  1e-135  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3311  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  44.82 
 
 		 394 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4315  LuxP protein precursor  29.25 
 
 		 367 aa  156  6e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  29.01 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.5 
 
 		 328 aa  63.2  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  28.24 
 
 		 296 aa  59.3  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  26.72 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  25.95 
 
 		 295 aa  54.3  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  25.95 
 
 		 295 aa  53.5  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 294 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 294 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  27.48 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  27.48 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  27.48 
 
 		 296 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 296 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3216  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.34 
 
 		 331 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.990637  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  22.52 
 
 		 295 aa  50.4  0.00005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3640  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.1 
 
 		 311 aa  50.4  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3526  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.1 
 
 		 311 aa  50.4  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.57 
 
 		 320 aa  49.7  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0363  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.58 
 
 		 318 aa  49.3  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879984  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04030  transcriptional regulator  45.28 
 
 		 351 aa  49.3  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.67 
 
 		 316 aa  48.5  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.73 
 
 		 311 aa  48.5  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6804  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.55 
 
 		 322 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.453683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  25.95 
 
 		 296 aa  48.5  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 		 335 aa  47.8  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1038  Alanine racemase  57.5 
 
 		 351 aa  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.255953  normal  0.612025 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  23.53 
 
 		 310 aa  47.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  27.48 
 
 		 292 aa  47  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.53 
 
 		 310 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.79 
 
 		 348 aa  47  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.62 
 
 		 330 aa  46.6  0.0007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  21.7 
 
 		 352 aa  46.6  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.8 
 
 		 331 aa  45.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6818  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.41 
 
 		 322 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.580362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  25.95 
 
 		 292 aa  44.3  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  28 
 
 		 289 aa  44.7  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  27.21 
 
 		 316 aa  44.3  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  28.45 
 
 		 294 aa  44.3  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0075  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like  25 
 
 		 336 aa  44.3  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0141  transcriptional regulator, LacI family  30.19 
 
 		 352 aa  43.9  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  25.95 
 
 		 292 aa  43.9  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  31.91 
 
 		 322 aa  44.3  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.31 
 
 		 313 aa  43.9  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.18 
 
 		 343 aa  43.5  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  25.81 
 
 		 292 aa  43.1  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  44.74 
 
 		 332 aa  42.7  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>