More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1043 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1043  50S ribosomal protein L9  100 
 
 		 204 aa  403  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2188  50S ribosomal protein L9  80.42 
 
 		 209 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1350  50S ribosomal protein L9  76.19 
 
 		 189 aa  258  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1620  50S ribosomal protein L9  77.6 
 
 		 211 aa  253  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0645747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0889  50S ribosomal protein L9  76.32 
 
 		 194 aa  252  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301047  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0141  50S ribosomal protein L9  73.54 
 
 		 189 aa  248  4e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1774  50S ribosomal protein L9  73.54 
 
 		 189 aa  248  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5418  50S ribosomal protein L9  58.51 
 
 		 190 aa  215  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0206045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4307  50S ribosomal protein L9  56.38 
 
 		 190 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3939  50S ribosomal protein L9  56.38 
 
 		 190 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613806  normal  0.190537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4414  50S ribosomal protein L9  55.85 
 
 		 190 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.248049 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0901  50S ribosomal protein L9  57.07 
 
 		 189 aa  208  5e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0476125 
 
 
-
 
NC_004310  BR0452  50S ribosomal protein L9  55.14 
 
 		 189 aa  202  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.206752  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0458  50S ribosomal protein L9  55.14 
 
 		 189 aa  201  6e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3121  ribosomal protein L9  57.95 
 
 		 193 aa  201  7e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1918  50S ribosomal protein L9  61.25 
 
 		 196 aa  199  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0566  50S ribosomal protein L9  53.51 
 
 		 189 aa  197  7.999999999999999e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3363  ribosomal protein L9  59.88 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1516  50S ribosomal protein L9  59.38 
 
 		 191 aa  193  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101233  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0491  ribosomal protein L9  52.1 
 
 		 179 aa  192  3e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2593  50S ribosomal protein L9  64.78 
 
 		 189 aa  191  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0267673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4634  50S ribosomal protein L9  64.15 
 
 		 189 aa  190  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.269406  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2306  50S ribosomal protein L9  53.19 
 
 		 189 aa  190  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.891012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0738  50S ribosomal protein L9  57.5 
 
 		 191 aa  189  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.823068  normal  0.564603 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1194  50S ribosomal protein L9  55.15 
 
 		 192 aa  185  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762079  normal  0.0731596 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1051  50S ribosomal protein L9  54.55 
 
 		 192 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3040  50S ribosomal protein L9  57.5 
 
 		 188 aa  181  5.0000000000000004e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.186174 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1510  ribosomal protein L9  51.98 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1210  50S ribosomal protein L9  50.83 
 
 		 209 aa  175  4e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0873917  normal  0.750153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2510  50S ribosomal protein L9  53.12 
 
 		 194 aa  172  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.531472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3490  50S ribosomal protein L9  55 
 
 		 195 aa  167  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0083  50S ribosomal protein L9  46.77 
 
 		 202 aa  166  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1414  50S ribosomal protein L9  48.75 
 
 		 199 aa  163  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2293  50S ribosomal protein L9  53.12 
 
 		 198 aa  153  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.14836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1902  50S ribosomal protein L9  53.8 
 
 		 210 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.171336 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2415  50S ribosomal protein L9  50.62 
 
 		 202 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.295062  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1694  50S ribosomal protein L9  51.25 
 
 		 202 aa  151  5.9999999999999996e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0817246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2988  50S ribosomal protein L9  53.12 
 
 		 194 aa  151  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2461  50S ribosomal protein L9  52.5 
 
 		 196 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3812  50S ribosomal protein L9  48.12 
 
 		 197 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.740565  normal  0.136797 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0411  50S ribosomal protein L9  53.33 
 
 		 195 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.112533  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1403  50S ribosomal protein L9  44.83 
 
 		 150 aa  125  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5171  50S ribosomal protein L9  45.52 
 
 		 150 aa  125  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1780  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  123  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.941111 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1808  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  123  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.432428  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1894  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000492255  hitchhiker  0.000000062237 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6208  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1871  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.539407  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2911  ribosomal protein L9  42.76 
 
 		 147 aa  120  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1352  50S ribosomal protein L9  41.67 
 
 		 167 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002335  LSU ribosomal protein L9p  46.58 
 
 		 150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.178305  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2249  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.128176  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2458  50S ribosomal protein L9P  42.18 
 
 		 149 aa  119  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174518 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0448  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 		 148 aa  119  4.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000315624  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2022  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 		 168 aa  118  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.278988  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1329  50S ribosomal protein L9P  45.52 
 
 		 148 aa  117  9e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.556068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2780  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000928974  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04070  50S ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 149 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3790  ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 149 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00574678  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4736  50S ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 149 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.257928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04032  hypothetical protein  45.95 
 
 		 149 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4764  50S ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 149 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5718  50S ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 149 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.595872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3810  50S ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 149 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0581092 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4673  50S ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 149 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4447  50S ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 149 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00020  50S ribosomal protein L9  45.21 
 
 		 150 aa  115  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2841  50S ribosomal protein L9  38.1 
 
 		 148 aa  115  6e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000145753  hitchhiker  0.000000000000102152 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4662  50S ribosomal protein L9  44.59 
 
 		 149 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0630658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4672  50S ribosomal protein L9  44.59 
 
 		 149 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00136692  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1435  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0986557  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3675  50S ribosomal protein L9  39.46 
 
 		 147 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0017578  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2587  50S ribosomal protein L9  43.38 
 
 		 150 aa  113  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0761  50S ribosomal protein L9  41.45 
 
 		 151 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2610  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 		 147 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.196058  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4754  50S ribosomal protein L9  43.92 
 
 		 149 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0190714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4812  50S ribosomal protein L9  43.92 
 
 		 149 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0162172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3666  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  112  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.006093  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4790  50S ribosomal protein L9  43.92 
 
 		 149 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.131212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0777  50S ribosomal protein L9  44.59 
 
 		 149 aa  112  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000131124  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5226  ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  112  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0418  ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 150 aa  111  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.291311  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2050  50S ribosomal protein L9  41.61 
 
 		 149 aa  111  8.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2131  50S ribosomal protein L9  41.61 
 
 		 149 aa  111  8.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.103333  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07670  50S ribosomal protein L9  42.18 
 
 		 148 aa  111  8.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.957501  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3034  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  111  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000136909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4946  ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 148 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1436  50S ribosomal protein L9  37.93 
 
 		 149 aa  110  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0681  50S ribosomal protein L9  45.75 
 
 		 150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3636  50S ribosomal protein L9  45.75 
 
 		 150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3781  50S ribosomal protein L9  45.75 
 
 		 150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0668  50S ribosomal protein L9  38.78 
 
 		 148 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00124479  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1401  50S ribosomal protein L9  44.78 
 
 		 150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.185741  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2413  50S ribosomal protein L9  44.78 
 
 		 150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209378  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1361  ribosomal protein L9  43.42 
 
 		 150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1165  50S ribosomal protein L9  44.78 
 
 		 150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.700636  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2182  50S ribosomal protein L9  45.52 
 
 		 150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.918152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0005  50S ribosomal protein L9  44.78 
 
 		 150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1892  50S ribosomal protein L9  44.78 
 
 		 150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.874623  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2288  50S ribosomal protein L9  44.78 
 
 		 150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.670457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>