39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2539 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2539  branched-chain amino acid transport  100 
 
 		 101 aa  199  9e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1759  hypothetical protein  68 
 
 		 100 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2529  branched-chain amino acid transport  67 
 
 		 100 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2695  branched-chain amino acid transport  67 
 
 		 100 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2596  branched-chain amino acid transport  66 
 
 		 100 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2783  branched-chain amino acid transport  67 
 
 		 100 aa  137  6e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.426127  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1597  branched-chain amino acid transport  67 
 
 		 100 aa  137  6e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1560  branched-chain amino acid transport  67 
 
 		 100 aa  137  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1566  branched-chain amino acid transport  67 
 
 		 100 aa  135  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1458  branched-chain amino acid transport  66 
 
 		 100 aa  133  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.311  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3140  branched-chain amino acid transport  70 
 
 		 100 aa  130  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3236  branched-chain amino acid transport  68 
 
 		 100 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0069593  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3298  hypothetical protein  52.48 
 
 		 104 aa  118  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1189  putative branched-chain amino acid transport protein  54 
 
 		 106 aa  111  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3249  hypothetical protein  49.48 
 
 		 103 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.131531  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38170  hypothetical protein  48 
 
 		 104 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00099917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3311  branched-chain amino acid transport  52 
 
 		 104 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.993943  normal  0.35173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1990  branched-chain amino acid transport  51 
 
 		 104 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638482  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2384  branched chain amino acid ABC transporter  52 
 
 		 104 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.316334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1896  branched-chain amino acid transport  52 
 
 		 104 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06281  hypothetical protein  54 
 
 		 103 aa  104  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001439  hypothetical protein  53 
 
 		 103 aa  97.4  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0234  hypothetical protein  53 
 
 		 105 aa  92  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3799  branched-chain amino acid transport  35.35 
 
 		 103 aa  78.2  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3611  branched-chain amino acid transport  37.37 
 
 		 103 aa  77  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.480929  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2444  hypothetical protein  40 
 
 		 103 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.416102 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1355  branched-chain amino acid transport  36.36 
 
 		 105 aa  70.1  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2853  hypothetical protein  36.84 
 
 		 106 aa  67.4  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.438366  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0403  branched-chain amino acid transport  39.34 
 
 		 108 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.661242 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0388  branched-chain amino acid transport  37.68 
 
 		 108 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0512  hypothetical protein  42.62 
 
 		 108 aa  50.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.700284  normal  0.0494056 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2569  branched-chain amino acid transport  33.72 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0093  branched-chain amino acid transport  36.19 
 
 		 103 aa  48.5  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0257  branched-chain amino acid transport  26.8 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.751249  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3294  branched-chain amino acid transport  40.78 
 
 		 109 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2108  branched-chain amino acid transport  30.39 
 
 		 109 aa  45.1  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343037 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2173  branched-chain amino acid transport  34.07 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4072  integrase family protein  35.56 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0494  hypothetical protein  34.52 
 
 		 107 aa  40.4  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>