More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1022 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_1170  tyrosyl-tRNA synthetase  86.68 
 
 		 397 aa  717    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0435877  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1315  tyrosyl-tRNA synthetase  88.19 
 
 		 398 aa  710    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1247  tyrosyl-tRNA synthetase  86.18 
 
 		 397 aa  712    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0337224  normal  0.116936 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  91.21 
 
 		 398 aa  737    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1214  tyrosyl-tRNA synthetase  87.44 
 
 		 397 aa  721    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0935576  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1104  tyrosyl-tRNA synthetase  90.95 
 
 		 398 aa  736    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  88.19 
 
 		 397 aa  720    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  89.42 
 
 		 398 aa  735    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 398 aa  809    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  90.7 
 
 		 398 aa  744    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  88.44 
 
 		 408 aa  731    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396777  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  88.69 
 
 		 398 aa  733    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  88.16 
 
 		 398 aa  726    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3143  tyrosyl-tRNA synthetase  86.68 
 
 		 397 aa  717    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0863543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  88.44 
 
 		 398 aa  731    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  83.92 
 
 		 399 aa  678    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  73.87 
 
 		 399 aa  612  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  74.81 
 
 		 395 aa  608  1e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  75.06 
 
 		 395 aa  608  1e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0160  tyrosyl-tRNA synthetase  76.07 
 
 		 395 aa  610  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000006248  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  71.61 
 
 		 399 aa  605  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  69.27 
 
 		 395 aa  582  1.0000000000000001e-165  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  67.34 
 
 		 399 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  72.36 
 
 		 399 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  65.33 
 
 		 399 aa  551  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  62.16 
 
 		 399 aa  539  9.999999999999999e-153  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  63.41 
 
 		 400 aa  540  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  63.07 
 
 		 403 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024569  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  63.61 
 
 		 401 aa  535  1e-151  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4565  tyrosyl-tRNA synthetase  62.81 
 
 		 403 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000112799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  61.9 
 
 		 399 aa  536  1e-151  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  62.97 
 
 		 399 aa  535  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  63.98 
 
 		 399 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0459  tyrosyl-tRNA synthetase  63.38 
 
 		 396 aa  534  1e-150  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000135795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 398 aa  531  1e-150  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  63.07 
 
 		 399 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  63.73 
 
 		 399 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  63.36 
 
 		 401 aa  530  1e-149  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  62.72 
 
 		 399 aa  531  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121242  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45990  tyrosyl-tRNA synthetase  61.71 
 
 		 399 aa  529  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000021558  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  63.73 
 
 		 399 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  64.23 
 
 		 399 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0911  tyrosyl-tRNA synthetase  62.81 
 
 		 407 aa  526  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000280403  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  63.73 
 
 		 399 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000195797  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  63.04 
 
 		 410 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0502  tyrosyl-tRNA synthetase  63.24 
 
 		 403 aa  517  1.0000000000000001e-145  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0064  tyrosyl-tRNA synthetase  60.55 
 
 		 399 aa  511  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000240526  normal  0.291627 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2138  tyrosyl-tRNA synthetase  62.78 
 
 		 402 aa  513  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000157826  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0749  tyrosyl-tRNA synthetase  59.34 
 
 		 397 aa  510  1e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000050083  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  62.12 
 
 		 413 aa  510  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  62.53 
 
 		 410 aa  511  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  62.37 
 
 		 413 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  62.25 
 
 		 400 aa  510  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  62.82 
 
 		 392 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  62.72 
 
 		 410 aa  504  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  61.96 
 
 		 432 aa  501  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  61.95 
 
 		 421 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3150  tyrosyl-tRNA synthetase  62.53 
 
 		 424 aa  501  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0347035  hitchhiker  0.00193972 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0405  tyrosyl-tRNA synthetase  60.25 
 
 		 401 aa  502  1e-141  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.000000345962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  61.96 
 
 		 413 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  61.96 
 
 		 413 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  61.96 
 
 		 435 aa  501  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  61.46 
 
 		 413 aa  498  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  61.87 
 
 		 454 aa  499  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  61.96 
 
 		 413 aa  500  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0611  tyrosyl-tRNA synthetase  61.71 
 
 		 416 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.706339  normal  0.345444 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  61.71 
 
 		 413 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  61.96 
 
 		 413 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  61.71 
 
 		 413 aa  498  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  61.96 
 
 		 413 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3350  tyrosyl-tRNA synthetase  61.21 
 
 		 416 aa  497  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0699695  hitchhiker  0.0000481251 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  62.12 
 
 		 413 aa  498  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  58.9 
 
 		 398 aa  496  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000057737  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  61.71 
 
 		 413 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  58.44 
 
 		 400 aa  497  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.00000000281136  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  62.12 
 
 		 413 aa  498  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5905  tyrosyl-tRNA synthetase  61.06 
 
 		 410 aa  496  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  61.71 
 
 		 413 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  61.44 
 
 		 421 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  61.46 
 
 		 413 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3445  tyrosyl-tRNA synthetase  62.78 
 
 		 413 aa  493  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0109315 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4106  tyrosyl-tRNA synthetase  61.4 
 
 		 414 aa  490  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.11265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0611  tyrosyl-tRNA synthetase  62.21 
 
 		 410 aa  488  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0632  tyrosyl-tRNA synthetase  62.21 
 
 		 410 aa  489  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  58.48 
 
 		 395 aa  485  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  59.64 
 
 		 401 aa  486  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0506  tyrosyl-tRNA synthetase  61.01 
 
 		 410 aa  487  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  58.02 
 
 		 408 aa  483  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  60.05 
 
 		 404 aa  484  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  59.3 
 
 		 398 aa  484  1e-135  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  61.64 
 
 		 403 aa  480  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0300  tyrosyl-tRNA synthetase  61.69 
 
 		 403 aa  474  1e-132  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139945  normal  0.0172609 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  57.58 
 
 		 398 aa  473  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4045  tyrosyl-tRNA synthetase  60.1 
 
 		 410 aa  471  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  60.3 
 
 		 403 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2645  tyrosyl-tRNA synthetase  60.1 
 
 		 410 aa  471  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0210517  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1356  tyrosyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 		 399 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0728  tyrosyl-tRNA synthetase  58.9 
 
 		 414 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  59.34 
 
 		 403 aa  463  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02940  tyrosyl-tRNA synthetase  57.92 
 
 		 403 aa  462  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131327  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>