140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0032 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0050  tRNA-Thr  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0330794  normal  0.0472699 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  90.62 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0025  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000025626  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0059  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000197967  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0045  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.146924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0037  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000315288  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0046  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871205  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15370  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00052169  normal  0.0383592 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0040  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0802458 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0007  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0029  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0007  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.251988  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0034  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.580916  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2437  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2439  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2442  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2941  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.161896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2147  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2149  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2152  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2624  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0007  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0032  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.386226  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000000000302559  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0062  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0025  tRNA-Thr  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.146097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0011  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000646692  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00327  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0054  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236346  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2972  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0055  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0056  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.220185  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3261  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1810  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0029  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3645  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3702  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2743  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>