163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_R0025 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000025626  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0042  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000217777  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0041  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.495782 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0006  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.826789  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0006  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0029  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0008  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0245883  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0029  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553385  normal  0.425342 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_AR0032  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2437  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2439  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2442  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2941  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.161896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2147  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2149  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2152  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2624  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0009  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0025  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.146097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0007  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00416188  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0007  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0032  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.386226  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000584403  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228312  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000101667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5804  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00774483  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791725  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0096  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0868  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5740  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00013213  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0061  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000231874  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0045  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0061  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0081  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000716294  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0019  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0246771  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0112  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00195399  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0128  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.601101  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0142  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000202791  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>