82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_R0006 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.826789  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0007  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00416188  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0024  tRNA-Thr  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0006  tRNA-Thr  92.06 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00193537  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0025  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000025626  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  85.94 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0042  tRNA-Thr  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000217777  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  86.67 
 
 
76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0955  tRNA-Arg  96.77 
 
 
74 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0134122  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0037  tRNA-Thr  85.07 
 
 
73 bp  54  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000581121  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  85.48 
 
 
73 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna8  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.222238  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0040  tRNA-Thr  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000012917  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0028  tRNA-Thr  88.89 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154592  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  85 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  85 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  85 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35760  tRNA-Thr  88.64 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.575984  normal  0.377782 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  85 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0056  tRNA-Asn  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0010  tRNA-Asn  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0042  tRNA-Thr  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00571323  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19630  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.93343  normal  0.0188921 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0011  tRNA-Thr  93.55 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000646692  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0032  tRNA-Thr  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.900036  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0018  tRNA-Thr  87.23 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00379484  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0034  tRNA-Thr  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0018  tRNA-Thr  87.23 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446903  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0038  tRNA-Thr  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000295037  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0061  tRNA-Thr  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.472311  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0001  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.432405  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0002  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.823848  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03930  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.323801 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0023  tRNA-Thr  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163984  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0054  tRNA-Lys  84.48 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0020  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0026  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0073  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06840  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  89.47 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0072  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000258619  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  84.48 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0031  tRNA-Thr  83.87 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000818386  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0011  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0034  tRNA-Thr  88 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.580916  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0001521  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00005  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.443541  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0202  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0562701  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000210278  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0037  tRNA-Lys  100 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>