83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0273 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3692  LppC family lipoprotein  57 
 
 		 616 aa  714    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.348011  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0273  LppC putative lipoprotein  100 
 
 		 603 aa  1237    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000539466  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3684  LppC family lipoprotein  57.28 
 
 		 627 aa  734    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0261  LppC family lipoprotein  57.03 
 
 		 628 aa  728    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0389  LppC family lipoprotein  66.94 
 
 		 607 aa  844    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.743997  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3880  LppC family lipoprotein  56.96 
 
 		 627 aa  727    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0981735 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4099  LppC family lipoprotein  57.12 
 
 		 634 aa  730    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0227  LppC family lipoprotein  57.23 
 
 		 634 aa  707    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.238094 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4069  LppC family lipoprotein  56.96 
 
 		 634 aa  726    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4251  LppC family lipoprotein  58.51 
 
 		 626 aa  741    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.945552  hitchhiker  0.0000000616017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0300  putative lipoprotein  58.2 
 
 		 619 aa  733    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0252  LppC family lipoprotein  58.64 
 
 		 624 aa  713    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.625916  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4187  LppC family lipoprotein  56.96 
 
 		 634 aa  729    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0352  LppC family lipoprotein  56.19 
 
 		 634 aa  717    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.184471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3989  LppC family lipoprotein  57.28 
 
 		 634 aa  731    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3354  putative lipoprotein  52.36 
 
 		 595 aa  633  1e-180  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004501  LppC putative lipoprotein  32.17 
 
 		 555 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000349106  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00891  hypothetical protein  30.87 
 
 		 603 aa  284  3.0000000000000004e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0113  putative lipoprotein  28.74 
 
 		 653 aa  262  1e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2654  putative lipoprotein LppC  31.31 
 
 		 603 aa  240  5e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1177  LppC family lipoprotein  29.92 
 
 		 677 aa  223  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.055728 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4419  lipoprotein, putative  27.74 
 
 		 604 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0598181  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0740  LppC precursor  27.58 
 
 		 604 aa  196  1e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164476  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57480  putative lipoprotein  28.04 
 
 		 604 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4995  putative lipoprotein  28.36 
 
 		 604 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.713572  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4113  LppC putative lipoprotein  27.23 
 
 		 604 aa  193  9e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13140  LppC lipoprotein  28.41 
 
 		 607 aa  186  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0911  LppC family lipoprotein  28.79 
 
 		 602 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2463  LppC family lipoprotein  25.98 
 
 		 617 aa  170  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36704  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4684  LppC putative lipoprotein  26.72 
 
 		 603 aa  169  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3066  hypothetical protein  26.8 
 
 		 603 aa  168  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1120  hypothetical protein  26.74 
 
 		 689 aa  168  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2923  hypothetical protein  26.85 
 
 		 603 aa  168  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0539  LppC family lipoprotein  26.74 
 
 		 657 aa  167  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0475  putative LppC lipoprotein  26.74 
 
 		 689 aa  167  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3693  LppC putative lipoprotein  26.52 
 
 		 658 aa  167  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0314  LppC family lipoprotein  25.96 
 
 		 672 aa  167  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.92899  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0757  LppC family lipoprotein  29.38 
 
 		 635 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0356  LppC putative lipoprotein  26.41 
 
 		 629 aa  164  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4399  LppC family lipoprotein  28.84 
 
 		 605 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.204458 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4523  LppC family lipoprotein  28.84 
 
 		 605 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0308  LppC family lipoprotein  25.85 
 
 		 672 aa  163  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0185  putative lipoprotein  28.1 
 
 		 625 aa  161  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3451  LppC superfamily  25.58 
 
 		 680 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1325  LppC family lipoprotein  29.13 
 
 		 605 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.967741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0933  LppC family lipoprotein  28.55 
 
 		 605 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3522  LppC superfamily  25.69 
 
 		 680 aa  158  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.173213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3145  ATPase  26.19 
 
 		 661 aa  158  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3453  LppC superfamily  25.69 
 
 		 680 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3559  LppC superfamily  25.54 
 
 		 680 aa  156  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3619  LppC family protein  25.65 
 
 		 680 aa  155  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03355  putative lipoprotein  26.1 
 
 		 666 aa  154  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4432  hypothetical protein  31.17 
 
 		 721 aa  152  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4336  LppC family lipoprotein  31.8 
 
 		 674 aa  143  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.765962  normal  0.192423 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  26.84 
 
 		 631 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2200  LppC putative lipoprotein  28.29 
 
 		 596 aa  141  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2204  LppC family lipoprotein  27.86 
 
 		 628 aa  137  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.972417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3584  LppC family lipoprotein  30.98 
 
 		 704 aa  137  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129912 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3624  LppC family lipoprotein  31.71 
 
 		 680 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0551  LppC family lipoprotein  29.17 
 
 		 678 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.551185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1933  putative lipoprotein  28.73 
 
 		 394 aa  130  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.814696  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4466  putative lipoprotein  29.53 
 
 		 678 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3629  putative lipoprotein  30.28 
 
 		 678 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3339  putative lipoprotein  29.17 
 
 		 678 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02965  hypothetical protein  29.17 
 
 		 678 aa  130  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0558  LppC family lipoprotein  29.17 
 
 		 678 aa  130  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03014  hypothetical protein  29.17 
 
 		 678 aa  130  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3625  putative lipoprotein  29.53 
 
 		 678 aa  130  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0260  lipoprotein antigen  28.73 
 
 		 396 aa  130  6e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3442  putative lipoprotein  29.53 
 
 		 678 aa  130  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3782  LppC family lipoprotein  30.89 
 
 		 682 aa  124  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0529967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2394  putative lipoprotein-like protein  22.29 
 
 		 617 aa  114  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.527391  normal  0.161029 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0676  LppC family lipoprotein  26.78 
 
 		 705 aa  105  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2212  LppC family lipoprotein  24.31 
 
 		 621 aa  99  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.228557 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0590  LppC family lipoprotein  27.45 
 
 		 573 aa  98.6  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04379  LppC superfamily  25.98 
 
 		 576 aa  93.2  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.418769  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1694  putative lipoprotein-like  26.4 
 
 		 525 aa  92.4  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.97529  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2282  putative lipoprotein-like protein  22.2 
 
 		 510 aa  77.4  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1675  LppC family lipoprotein  36.42 
 
 		 576 aa  70.1  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1749  hypothetical protein  37.09 
 
 		 576 aa  69.7  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  21.04 
 
 		 612 aa  56.6  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  21.04 
 
 		 612 aa  56.6  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  22.75 
 
 		 356 aa  43.9  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>