More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0434 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0434  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
331 aa  682    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1738  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  46.98 
 
 
329 aa  257  2e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1446  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.83 
 
 
321 aa  255  9e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1626  PP-loop family protein  44.14 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0255  PP-loop family protein  41.96 
 
 
330 aa  251  1e-65  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.765354  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1786  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.59 
 
 
321 aa  248  9e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0257  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  43.08 
 
 
318 aa  245  6e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0581  ATP/GTP hydrolase  41.01 
 
 
330 aa  236  4e-61  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1373  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  39.32 
 
 
336 aa  217  2.9999999999999998e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0504  tRNA(Ile)-lysidine synthase  40.06 
 
 
331 aa  214  9.999999999999999e-55  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33 
 
 
444 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.26 
 
 
524 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  32.54 
 
 
321 aa  103  3e-21  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  34.16 
 
 
436 aa  103  4e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0012  putative cell-cycle protein, MesJ/Ycf62 family  36.46 
 
 
421 aa  99.8  6e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.44 
 
 
431 aa  99.4  8e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.34 
 
 
445 aa  99  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.4 
 
 
480 aa  98.6  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.51 
 
 
461 aa  97.8  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  30.66 
 
 
431 aa  97.1  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  31.16 
 
 
431 aa  96.3  6e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.39 
 
 
457 aa  95.9  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.67 
 
 
390 aa  93.6  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.46 
 
 
450 aa  93.6  4e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0014  MesJ/Ycf62 family protein  33.49 
 
 
424 aa  93.2  5e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0544  hypothetical protein  33.16 
 
 
431 aa  93.2  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000216418  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0531  hypothetical protein  33.16 
 
 
431 aa  93.2  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00156827  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  31.63 
 
 
354 aa  92.8  7e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.2 
 
 
465 aa  92.4  9e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.43 
 
 
457 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.23 
 
 
521 aa  92  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.76 
 
 
454 aa  92  1e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  32.62 
 
 
454 aa  91.3  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  30.47 
 
 
454 aa  91.7  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.8 
 
 
509 aa  90.9  3e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0016  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  30.22 
 
 
422 aa  90.9  3e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.58 
 
 
464 aa  90.5  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl673  lysidine synthetase  31.31 
 
 
398 aa  89.7  5e-17  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.09 
 
 
459 aa  90.1  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0014  hypothetical protein  30.6 
 
 
401 aa  89.7  6e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.709368  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.57 
 
 
306 aa  89.7  7e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1752  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.14 
 
 
334 aa  89.4  8e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.927815  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
429 aa  89  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  28.93 
 
 
471 aa  88.6  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  29.85 
 
 
332 aa  88.6  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30528  predicted protein  27.32 
 
 
714 aa  89  1e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000000519848  normal  0.264814 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.8 
 
 
311 aa  88.6  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.55 
 
 
342 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.88 
 
 
334 aa  88.2  2e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.24 
 
 
464 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.24 
 
 
464 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.46 
 
 
368 aa  87.4  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.46 
 
 
457 aa  87.4  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.5 
 
 
446 aa  87  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.77 
 
 
472 aa  87  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.57 
 
 
241 aa  86.7  5e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.91 
 
 
325 aa  86.7  5e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.59 
 
 
436 aa  86.3  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.81 
 
 
485 aa  86.3  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  30.73 
 
 
345 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 
417 aa  84.3  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.82 
 
 
476 aa  85.1  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.36 
 
 
442 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  29.67 
 
 
464 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  28.41 
 
 
430 aa  84.7  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.36 
 
 
438 aa  84  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.94 
 
 
325 aa  84.3  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.61 
 
 
473 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  26.6 
 
 
455 aa  84  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  29.39 
 
 
427 aa  83.6  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.01 
 
 
442 aa  82.8  0.000000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  29.61 
 
 
371 aa  82  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0818  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.11 
 
 
440 aa  82.4  0.00000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00477647  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.76 
 
 
456 aa  82.4  0.00000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  26.72 
 
 
476 aa  82  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.02 
 
 
471 aa  81.6  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.9 
 
 
469 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.15 
 
 
342 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.32 
 
 
468 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  29.9 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.17 
 
 
334 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.91 
 
 
377 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.61 
 
 
412 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  28.49 
 
 
412 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.74 
 
 
434 aa  80.5  0.00000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.13 
 
 
338 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.61 
 
 
423 aa  80.1  0.00000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.35 
 
 
449 aa  80.1  0.00000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  28.35 
 
 
449 aa  80.1  0.00000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  28.02 
 
 
484 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.95 
 
 
469 aa  80.1  0.00000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.19 
 
 
462 aa  79.7  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.99 
 
 
470 aa  79.7  0.00000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.93 
 
 
347 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.22 
 
 
339 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.81 
 
 
468 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.57 
 
 
335 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.67 
 
 
344 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.19 
 
 
430 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.81 
 
 
473 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>