More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3010 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3010  30S ribosomal protein S17  100 
 
 
89 aa  177  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000740755  normal  0.0471511 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2941  30S ribosomal protein S17  91.01 
 
 
89 aa  169  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00001015  hitchhiker  0.00000362348 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3288  30S ribosomal protein S17  91.01 
 
 
89 aa  169  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000278806  hitchhiker  0.00000199578 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3170  30S ribosomal protein S17  88.04 
 
 
92 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000175324  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3308  30S ribosomal protein S17  86.96 
 
 
92 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000182432  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3456  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  149  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000380443  decreased coverage  0.00396929 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0336  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000156672  normal  0.0197388 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2750  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000100032  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0357  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000267511  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3487  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  148  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00115602  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2623  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  148  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3767  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  148  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000138754  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3795  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  148  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3737  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  148  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000331818  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3635  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  148  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000372531  decreased coverage  0.00000000000123606 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3059  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  148  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000184164  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0323  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  148  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000666609  decreased coverage  0.00233353 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1933  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  148  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000633723  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3160  30S ribosomal protein S17  85.71 
 
 
90 aa  148  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000677141  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0258  30S ribosomal protein S17  84.52 
 
 
90 aa  148  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000603244  hitchhiker  0.00894491 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2831  30S ribosomal protein S17  84.52 
 
 
90 aa  148  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000151537  normal  0.471664 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0285  30S ribosomal protein S17  84.52 
 
 
90 aa  146  9e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000405514  normal  0.0233018 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0276  30S ribosomal protein S17  84.52 
 
 
90 aa  146  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000137406  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0062  30S ribosomal protein S17  73.03 
 
 
89 aa  131  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000414135  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0059  30S ribosomal protein S17  73.03 
 
 
89 aa  131  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000129273  hitchhiker  1.52646e-17 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0328  SSU ribosomal protein S17P  67.42 
 
 
88 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.11157e-25  unclonable  0.0000000432201 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1273  30S ribosomal protein S17  67.42 
 
 
89 aa  124  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0468178  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0347  30S ribosomal protein S17  66.29 
 
 
89 aa  124  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.451528  decreased coverage  0.000267992 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4904  30S ribosomal protein S17  70.93 
 
 
89 aa  123  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.049648  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3434  30S ribosomal protein S17  75 
 
 
90 aa  122  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0295981  normal  0.193423 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3786  30S ribosomal protein S17  68.54 
 
 
89 aa  122  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.164158  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0212  30S ribosomal protein S17  67.42 
 
 
89 aa  122  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.149422 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0282  30S ribosomal protein S17  65.17 
 
 
89 aa  121  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000313457  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0287  30S ribosomal protein S17  65.17 
 
 
89 aa  121  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000277089 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0400  30S ribosomal protein S17  64.04 
 
 
89 aa  119  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0265  30S ribosomal protein S17  70.93 
 
 
89 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.696196  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0288  30S ribosomal protein S17  66.67 
 
 
90 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125562  hitchhiker  0.00000171329 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0414  30S ribosomal protein S17  72.15 
 
 
87 aa  113  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000036421  normal  0.356143 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3990  30S ribosomal protein S17  71.25 
 
 
98 aa  113  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000165652 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0463  30S ribosomal protein S17  62.79 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.903355  hitchhiker  0.00000264542 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0496  30S ribosomal protein S17  62.79 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000477154  normal  0.104043 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0776  ribosomal protein S17  63.95 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000337654  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4740  30S ribosomal protein S17  61.63 
 
 
88 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0349479  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0493  30S ribosomal protein S17  61.63 
 
 
88 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221769  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0846  30S ribosomal protein S17  63.95 
 
 
88 aa  110  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.349116  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08940  30S ribosomal protein S17  63.95 
 
 
88 aa  110  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.299482  normal  0.0340675 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3329  30S ribosomal protein S17  61.8 
 
 
89 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000398832  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0635  ribosomal protein S17  60.47 
 
 
88 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000269745  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4539  30S ribosomal protein S17  60.47 
 
 
88 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.116738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5070  30S ribosomal protein S17  60.47 
 
 
88 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000035859  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3900  30S ribosomal protein S17  70 
 
 
88 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00230536  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06340  30S ribosomal protein S17  63.29 
 
 
88 aa  106  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.543967  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1858  30S ribosomal protein S17  63.41 
 
 
94 aa  106  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.147715  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0728  30S ribosomal protein S17  60.67 
 
 
88 aa  106  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00313213  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0332  30S ribosomal protein S17  56.32 
 
 
89 aa  105  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000351608  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0849  30S ribosomal protein S17  63.64 
 
 
86 aa  105  3e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0240  30S ribosomal protein S17  61.04 
 
 
82 aa  103  8e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0208  30S ribosomal protein S17  61.04 
 
 
82 aa  103  8e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000014726  unclonable  0.0000000000149425 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0203  30S ribosomal protein S17  61.04 
 
 
82 aa  103  8e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000279278  hitchhiker  0.00162508 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0208  30S ribosomal protein S17  61.04 
 
 
82 aa  103  8e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000159917  hitchhiker  0.0000000011379 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001733  SSU ribosomal protein S17p (S11e)  55.42 
 
 
84 aa  102  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000075143  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0968  30S ribosomal protein S17  58.43 
 
 
88 aa  102  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132893  hitchhiker  0.000000938527 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0157  ribosomal protein S17  55.84 
 
 
82 aa  102  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000117396  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0179  ribosomal protein S17  58.44 
 
 
82 aa  101  4e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000265086  n/a   
 
 
 
NC_009438  Sputcn32_3750  30S ribosomal protein S17  58.44 
 
 
82 aa  100  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000077178  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4161  30S ribosomal protein S17  58.44 
 
 
82 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000038185  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0209  30S ribosomal protein S17  58.44 
 
 
82 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000139872  unclonable  0.00000794162 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4047  30S ribosomal protein S17  58.44 
 
 
82 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000100461  unclonable  0.00000000000380928 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0205  30S ribosomal protein S17  58.44 
 
 
82 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000179685  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0430  SSU ribosomal protein S17P  61.54 
 
 
86 aa  100  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179877  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00739  30S ribosomal protein S17  53.01 
 
 
84 aa  99.8  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4308  30S ribosomal protein S17  58.44 
 
 
82 aa  99.4  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000115651  unclonable  0.0000000000430661 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0167  30S ribosomal protein S17  57.14 
 
 
82 aa  99  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000350413  hitchhiker  0.000281031 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0193  30S ribosomal protein S17  57.14 
 
 
82 aa  98.2  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000114051  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0856  SSU ribosomal protein S17P  66.67 
 
 
83 aa  98.2  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000349571  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4681  30S ribosomal protein S17  57.14 
 
 
82 aa  98.2  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000864007  unclonable  0.0000000112365 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2165  30S ribosomal protein S17  55.7 
 
 
84 aa  97.8  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000168  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0222  30S ribosomal subunit protein S17  58.44 
 
 
82 aa  97.8  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000618059  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2160  30S ribosomal protein S17  56.96 
 
 
88 aa  97.4  6e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0103749  normal  0.166866 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3515  ribosomal protein S17  53.01 
 
 
83 aa  97.1  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000390975  hitchhiker  0.000000987028 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0188  30S ribosomal protein S17  56 
 
 
86 aa  96.7  9e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.27191 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00454  30S ribosomal protein S17  56.96 
 
 
85 aa  96.7  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.301377  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0240  30S ribosomal protein S17  61.97 
 
 
80 aa  96.3  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.853456 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0329  30S ribosomal protein S17  53.85 
 
 
84 aa  96.7  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00017601  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0337  ribosomal protein S17  56.16 
 
 
89 aa  96.3  1e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.177398  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0243  30S ribosomal protein S17  61.97 
 
 
80 aa  96.3  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0467  SSU ribosomal protein S17P  55.81 
 
 
87 aa  96.3  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0435  ribosomal protein S17  53.41 
 
 
95 aa  96.3  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000266515  hitchhiker  0.000093478 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2315  30S ribosomal protein S17  51.16 
 
 
87 aa  96.7  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0524873  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1937  30S ribosomal protein S17  66.67 
 
 
90 aa  96.3  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4535  30S ribosomal protein S17  53.09 
 
 
84 aa  95.9  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011061  hitchhiker  0.0016313 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3992  30S ribosomal protein S17  57.14 
 
 
84 aa  95.1  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000847939  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2223  30S ribosomal protein S17  61.64 
 
 
82 aa  95.1  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.951582  normal  0.794198 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4267  ribosomal protein S17  55 
 
 
86 aa  94.7  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000045276  unclonable  0.00000000000278938 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3813  30S ribosomal protein S17  57.14 
 
 
84 aa  94.4  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0478  30S ribosomal protein S17  52.33 
 
 
83 aa  94.7  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.112019  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0282  ribosomal protein S17  52.81 
 
 
90 aa  94  5e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000068938  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0402  ribosomal protein S17  55.84 
 
 
84 aa  94  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000755989  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3606  30S ribosomal protein S17  55.84 
 
 
84 aa  94  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000146035  normal  0.0220451 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3505  30S ribosomal protein S17  55.84 
 
 
84 aa  94  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141629  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>