More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0168 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0065  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 145 aa  266  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0168  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 132 aa  265  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  94.7 
 
 		 192 aa  253  8e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0341  initiation factor 3  93.94 
 
 		 132 aa  252  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  92.42 
 
 		 200 aa  251  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  91.67 
 
 		 171 aa  249  6e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  90.15 
 
 		 171 aa  246  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  73.48 
 
 		 174 aa  211  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  75 
 
 		 178 aa  209  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  75.76 
 
 		 134 aa  208  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2032  translation initiation factor IF-3  75.76 
 
 		 134 aa  208  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  75 
 
 		 204 aa  208  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  70.45 
 
 		 173 aa  206  8e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3483  translation initiation factor IF-3  75 
 
 		 132 aa  205  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  74.24 
 
 		 173 aa  204  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  72.73 
 
 		 151 aa  205  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  75 
 
 		 178 aa  204  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  68.94 
 
 		 176 aa  204  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  71.97 
 
 		 219 aa  203  8e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  72.52 
 
 		 175 aa  200  4e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  68.18 
 
 		 173 aa  200  7e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  68.94 
 
 		 173 aa  198  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  68.94 
 
 		 176 aa  197  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  68.94 
 
 		 173 aa  197  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  69.7 
 
 		 192 aa  196  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  67.42 
 
 		 173 aa  192  1e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  67.16 
 
 		 194 aa  187  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  67.16 
 
 		 194 aa  187  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  63.36 
 
 		 137 aa  186  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  66.42 
 
 		 194 aa  186  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  65.65 
 
 		 169 aa  185  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0412  translation initiation factor IF-3  64.12 
 
 		 144 aa  184  5e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.601649  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1196  translation initiation factor IF-3  74.8 
 
 		 173 aa  184  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.501518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  63.36 
 
 		 202 aa  182  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  65.65 
 
 		 173 aa  181  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  62.12 
 
 		 173 aa  181  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  63.36 
 
 		 173 aa  180  6e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  61.83 
 
 		 178 aa  179  1e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  61.83 
 
 		 178 aa  179  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  61.36 
 
 		 154 aa  178  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  61.83 
 
 		 137 aa  177  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  62.6 
 
 		 190 aa  177  2.9999999999999997e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  69.53 
 
 		 173 aa  176  9e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  63.36 
 
 		 173 aa  176  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  58.33 
 
 		 178 aa  175  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  60.31 
 
 		 177 aa  175  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  57.58 
 
 		 173 aa  173  8e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  58.91 
 
 		 156 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  59.09 
 
 		 156 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  58.02 
 
 		 174 aa  172  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  58.33 
 
 		 156 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  58.14 
 
 		 156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  59.85 
 
 		 182 aa  171  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  170  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  170  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  170  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  170  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  170  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  170  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  170  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  58.14 
 
 		 156 aa  170  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  56.06 
 
 		 156 aa  168  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  57.58 
 
 		 184 aa  166  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  55.3 
 
 		 180 aa  166  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  59.54 
 
 		 153 aa  166  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  61.83 
 
 		 155 aa  165  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  56.49 
 
 		 159 aa  164  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  57.48 
 
 		 146 aa  164  5e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2098  translation initiation factor IF-3  55.3 
 
 		 147 aa  164  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  54.96 
 
 		 173 aa  163  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  58.02 
 
 		 169 aa  163  8e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2019  translation initiation factor IF-3  55.3 
 
 		 147 aa  163  8e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  58.33 
 
 		 171 aa  162  1.0000000000000001e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  54.96 
 
 		 179 aa  162  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  54.2 
 
 		 173 aa  161  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  54.62 
 
 		 181 aa  161  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0123  translation initiation factor 3  68.5 
 
 		 201 aa  160  4.0000000000000004e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.228507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  59.68 
 
 		 169 aa  160  4.0000000000000004e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  56.82 
 
 		 183 aa  160  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  56.82 
 
 		 183 aa  160  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  56.82 
 
 		 183 aa  160  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  56.82 
 
 		 177 aa  159  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  58.33 
 
 		 185 aa  159  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1768  translation initiation factor IF-3  59.84 
 
 		 221 aa  159  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.40976 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1725  translation initiation factor IF-3  59.85 
 
 		 144 aa  159  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00587564  normal  0.500746 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  53.97 
 
 		 172 aa  158  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  53.97 
 
 		 166 aa  158  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  60.61 
 
 		 180 aa  157  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000676935  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  60.61 
 
 		 180 aa  157  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  60.61 
 
 		 180 aa  157  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  51.91 
 
 		 156 aa  157  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  55.73 
 
 		 238 aa  157  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  53.03 
 
 		 165 aa  157  4e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01687  translation initiation factor IF-3  60.61 
 
 		 144 aa  157  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00539573  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1429  translation initiation factor IF-3  60.61 
 
 		 144 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00177736  hitchhiker  0.00888747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>