96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3804 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3804  hypothetical protein  100 
 
 
175 aa  351  3e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1910  hypothetical protein  99.43 
 
 
175 aa  350  4e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  2.22818e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1521  hypothetical protein  98.86 
 
 
175 aa  350  5e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.393257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1486  hypothetical protein  98.86 
 
 
175 aa  349  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.909701  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4161  hypothetical protein  88.57 
 
 
175 aa  291  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166279  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3836  hypothetical protein  84.57 
 
 
175 aa  277  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1624  hypothetical protein  78.86 
 
 
175 aa  276  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.752967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1643  hypothetical protein  84.57 
 
 
175 aa  274  4e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.17907  normal  0.271742 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14880  hypothetical protein  77.14 
 
 
175 aa  267  6e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.494343  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25620  hypothetical protein  64.61 
 
 
178 aa  233  1e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00500507  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2190  hypothetical protein  64.04 
 
 
178 aa  229  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2128  hypothetical protein  34.3 
 
 
173 aa  100  8e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.023042  normal  0.0264817 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1625  hypothetical protein  35.15 
 
 
173 aa  96.7  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2293  hypothetical protein  32.75 
 
 
170 aa  90.5  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195451  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02336  hypothetical protein  34.29 
 
 
220 aa  89  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  1.24233e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2236  hypothetical protein  31.14 
 
 
173 aa  87.4  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.70485e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1210  hypothetical protein  31.14 
 
 
173 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.98054e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2513  hypothetical protein  31.14 
 
 
173 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  9.85112e-09  hitchhiker  6.61717e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2179  hypothetical protein  31.74 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  1.45299e-05  hitchhiker  1.56783e-12 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1996  hypothetical protein  31.74 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  8.50849e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1603  hypothetical protein  31.74 
 
 
173 aa  85.9  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  1.20656e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1260  hypothetical protein  31.74 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  2.96903e-06  normal  0.293656 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1304  hypothetical protein  31.74 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0170278  hitchhiker  5.2483e-10 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1289  hypothetical protein  31.74 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0001847  hitchhiker  2.30682e-13 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1210  hypothetical protein  30.54 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.84281e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2039  hypothetical protein  30.54 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.23338e-10  hitchhiker  3.03245e-05 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01084  hypothetical protein  30.54 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  2.18944e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01092  hypothetical protein  30.54 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  2.03492e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1084  hypothetical protein  30.99 
 
 
173 aa  84.3  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.181417  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2006  hypothetical protein  32.74 
 
 
171 aa  84  1e-15  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2298  hypothetical protein  31.58 
 
 
174 aa  84  1e-15  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.85744e-13  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2559  protein of unknown function DUF177  29.94 
 
 
173 aa  82.8  2e-15  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.87302e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2813  hypothetical protein  32.4 
 
 
173 aa  82.4  3e-15  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.46224e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2508  hypothetical protein  31.95 
 
 
173 aa  82.4  3e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  2.57627e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0163  hypothetical protein  32.14 
 
 
174 aa  81.6  4e-15  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00796864  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1577  hypothetical protein  31.36 
 
 
174 aa  81.3  7e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.16707e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1985  hypothetical protein  31.95 
 
 
174 aa  80.5  1e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.6877e-07  decreased coverage  0.000655562 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1612  hypothetical protein  32.75 
 
 
174 aa  80.1  2e-14  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.08475e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2563  hypothetical protein  31.36 
 
 
174 aa  79.7  2e-14  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.29312e-09  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1618  hypothetical protein  32.2 
 
 
173 aa  79  3e-14  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  8.31476e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1711  hypothetical protein  30.18 
 
 
174 aa  79  3e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  7.54481e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2471  hypothetical protein  31.36 
 
 
174 aa  79  3e-14  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.59273e-07  hitchhiker  0.00620906 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2401  hypothetical protein  31.36 
 
 
174 aa  79  3e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.62111e-09  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2781  hypothetical protein  31.36 
 
 
174 aa  79  3e-14  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2037  hypothetical protein  31.36 
 
 
174 aa  79.3  3e-14  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  8.25431e-07  normal  0.0155007 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2653  hypothetical protein  30.18 
 
 
174 aa  78.6  4e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  8.20152e-09  hitchhiker  3.66748e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1714  hypothetical protein  30.18 
 
 
174 aa  78.2  5e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.35289e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1754  hypothetical protein  30.18 
 
 
174 aa  78.2  5e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.80096e-08  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1598  hypothetical protein  30.18 
 
 
174 aa  77.8  6e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.26789e-08  hitchhiker  0.000998263 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1582  hypothetical protein  30.54 
 
 
173 aa  77.8  7e-14  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000319504  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1494  hypothetical protein  30.18 
 
 
174 aa  77.4  8e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  9.69755e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1901  hypothetical protein  29.94 
 
 
173 aa  77  1e-13  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  8.44005e-11  hitchhiker  6.03572e-06 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1573  hypothetical protein  29.94 
 
 
174 aa  76.3  2e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.25555e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02913  hypothetical protein  31.36 
 
 
174 aa  76.6  2e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1681  hypothetical protein  29.94 
 
 
174 aa  76.3  2e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.42559e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2499  hypothetical protein  30.18 
 
 
174 aa  76.6  2e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.06501e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3504  hypothetical protein  29.94 
 
 
174 aa  76.3  2e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  7.22055e-08  hitchhiker  0.00648337 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2127  hypothetical protein  30.29 
 
 
175 aa  75.9  3e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1597  hypothetical protein  30.46 
 
 
175 aa  75.5  3e-13  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.16577  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2629  hypothetical protein  29.24 
 
 
174 aa  74.3  8e-13  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.83088e-08  hitchhiker  1.64508e-06 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002991  hypothetical protein YceD (clustered with ribosomal protein L32p)  30.9 
 
 
174 aa  74.3  9e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  3.52576e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0867  protein of unknown function DUF177  30.41 
 
 
169 aa  71.6  6e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2012  hypothetical protein  32.34 
 
 
187 aa  70.9  8e-12  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1426  hypothetical protein  30.06 
 
 
181 aa  70.1  1e-11  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.120339  normal  0.649251 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1871  hypothetical protein  34.86 
 
 
185 aa  69.3  2e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197322  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2236  hypothetical protein  31.95 
 
 
173 aa  68.6  5e-11  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0449788  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1604  protein of unknown function DUF177  32.93 
 
 
173 aa  67.4  1e-10  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.141183  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2431  protein of unknown function DUF177  31.07 
 
 
174 aa  67  1e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0999209  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02704  hypothetical protein  30.26 
 
 
156 aa  65.5  4e-10  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0707  hypothetical protein  29.78 
 
 
180 aa  63.2  2e-09  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.041241  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1727  hypothetical protein  28.09 
 
 
182 aa  63.5  2e-09  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3283  hypothetical protein  31.72 
 
 
183 aa  62.8  3e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2636  protein of unknown function DUF177  30.6 
 
 
183 aa  61.6  5e-09  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1208  hypothetical protein  29.81 
 
 
169 aa  61.6  5e-09  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1114  hypothetical protein  29.81 
 
 
169 aa  61.6  5e-09  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.510679  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1914  hypothetical protein  30.9 
 
 
178 aa  60.1  1e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3653  hypothetical protein  31.14 
 
 
168 aa  60.5  1e-08  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1180  hypothetical protein  31.22 
 
 
183 aa  59.3  3e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3263  hypothetical protein  29.1 
 
 
184 aa  58.5  5e-08  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1069  hypothetical protein  26.19 
 
 
166 aa  57.4  1e-07  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.429486  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1809  protein of unknown function DUF177  30.29 
 
 
212 aa  56.2  2e-07  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.870498  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1238  hypothetical protein  30.58 
 
 
170 aa  53.9  1e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1047  hypothetical protein  31.55 
 
 
179 aa  53.9  1e-06  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.785486  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3079  hypothetical protein  28.41 
 
 
184 aa  51.6  5e-06  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0614  hypothetical protein  31.55 
 
 
190 aa  52  5e-06  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00189465 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0402  protein of unknown function DUF177  26.38 
 
 
191 aa  50.1  2e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0395  hypothetical protein  27.38 
 
 
191 aa  48.9  3e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.822595  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1386  protein of unknown function DUF177  31.4 
 
 
185 aa  48.5  4e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1670  hypothetical protein  28.22 
 
 
165 aa  48.5  5e-05  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2139  hypothetical protein  37.37 
 
 
159 aa  47.4  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0513  hypothetical protein  27.27 
 
 
197 aa  47  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.223212  hitchhiker  0.00953865 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0518  hypothetical protein  25.14 
 
 
197 aa  46.6  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.993145  hitchhiker  0.00918152 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0977  protein of unknown function DUF177  31.58 
 
 
178 aa  45.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1554  hypothetical protein  24.82 
 
 
139 aa  44.3  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.576052  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0912  protein of unknown function DUF177  31.9 
 
 
178 aa  42.4  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.802583  normal  0.107154 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2433  hypothetical protein  33.33 
 
 
205 aa  41.2  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>