81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1554 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1554  hypothetical protein  100 
 
 
139 aa  275  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.576052  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1069  hypothetical protein  34.53 
 
 
166 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.429486  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2012  hypothetical protein  34.07 
 
 
187 aa  67.4  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1510  hypothetical protein  32.39 
 
 
174 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0199831  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1624  hypothetical protein  31.21 
 
 
175 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.752967 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25620  hypothetical protein  32.61 
 
 
178 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00500507  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2431  protein of unknown function DUF177  34.06 
 
 
174 aa  63.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0999209  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2190  hypothetical protein  31.16 
 
 
178 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3079  hypothetical protein  30.23 
 
 
184 aa  58.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1597  hypothetical protein  28.06 
 
 
175 aa  56.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.16577  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2499  hypothetical protein  31.88 
 
 
174 aa  55.8  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000206501  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2629  hypothetical protein  32.39 
 
 
174 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  hitchhiker  0.00000164508 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2037  hypothetical protein  31.69 
 
 
174 aa  55.5  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000825431  normal  0.0155007 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1625  hypothetical protein  26.87 
 
 
173 aa  55.1  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1598  hypothetical protein  32.39 
 
 
174 aa  54.7  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000126789  hitchhiker  0.000998263 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1238  hypothetical protein  30.5 
 
 
170 aa  54.3  0.0000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1180  hypothetical protein  35.23 
 
 
183 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2127  hypothetical protein  26.24 
 
 
175 aa  53.9  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1612  hypothetical protein  31.79 
 
 
174 aa  54.3  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000408475  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1985  hypothetical protein  32.39 
 
 
174 aa  53.9  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000046877  decreased coverage  0.000655562 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1426  hypothetical protein  32.58 
 
 
181 aa  53.5  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.120339  normal  0.649251 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3653  hypothetical protein  34.41 
 
 
168 aa  53.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2636  protein of unknown function DUF177  26.39 
 
 
183 aa  52.8  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2401  hypothetical protein  28.57 
 
 
174 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000162111  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2471  hypothetical protein  28.57 
 
 
174 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000459273  hitchhiker  0.00620906 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0518  hypothetical protein  30.46 
 
 
197 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.993145  hitchhiker  0.00918152 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3263  hypothetical protein  26.21 
 
 
184 aa  52  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002991  hypothetical protein YceD (clustered with ribosomal protein L32p)  31.97 
 
 
174 aa  52  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000352576  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2563  hypothetical protein  28.99 
 
 
174 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000529312  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2781  hypothetical protein  29.17 
 
 
174 aa  51.6  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3283  hypothetical protein  25.69 
 
 
183 aa  51.6  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2128  hypothetical protein  23.94 
 
 
173 aa  51.2  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.023042  normal  0.0264817 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1494  hypothetical protein  29.71 
 
 
174 aa  50.4  0.000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000969755  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1047  hypothetical protein  35.35 
 
 
179 aa  50.4  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.785486  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0513  hypothetical protein  30.88 
 
 
197 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.223212  hitchhiker  0.00953865 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02913  hypothetical protein  30.61 
 
 
174 aa  49.7  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0977  protein of unknown function DUF177  35.63 
 
 
178 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0402  protein of unknown function DUF177  29.6 
 
 
191 aa  48.9  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1577  hypothetical protein  27.14 
 
 
174 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000216707  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1711  hypothetical protein  28.87 
 
 
174 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000754481  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14880  hypothetical protein  27.14 
 
 
175 aa  48.1  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.494343  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2653  hypothetical protein  28.87 
 
 
174 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820152  hitchhiker  0.0000366748 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1714  hypothetical protein  28.87 
 
 
174 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000235289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1754  hypothetical protein  28.87 
 
 
174 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000180096  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2268  hypothetical protein  31.25 
 
 
201 aa  47.4  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.525425  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2559  protein of unknown function DUF177  25.53 
 
 
173 aa  47  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.87302e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1727  hypothetical protein  29.66 
 
 
182 aa  47  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02336  hypothetical protein  32.32 
 
 
220 aa  46.6  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000124233  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1210  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000784281  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1210  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.98054e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01092  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000203492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01084  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000218944  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2298  hypothetical protein  26.81 
 
 
174 aa  46.2  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000985744  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2513  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000000985112  hitchhiker  0.0000661717 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2039  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000123338  hitchhiker  0.0000303245 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0912  protein of unknown function DUF177  29.09 
 
 
178 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.802583  normal  0.107154 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2236  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.70485e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0614  hypothetical protein  28.38 
 
 
190 aa  44.3  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00189465 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1914  hypothetical protein  35.42 
 
 
178 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1386  protein of unknown function DUF177  31.52 
 
 
185 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0395  hypothetical protein  28 
 
 
191 aa  43.9  0.0007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.822595  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1901  hypothetical protein  36.25 
 
 
173 aa  43.9  0.0008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000844005  hitchhiker  0.00000603572 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1304  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0170278  hitchhiker  0.00000000052483 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2179  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000145299  hitchhiker  0.00000000000156783 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1996  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000850849  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1260  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00000296903  normal  0.293656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1289  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0001847  hitchhiker  0.000000000000230682 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0707  hypothetical protein  26.67 
 
 
180 aa  42.7  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.041241  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02704  hypothetical protein  29.37 
 
 
156 aa  42.7  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2293  hypothetical protein  25.36 
 
 
170 aa  42  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195451  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1681  hypothetical protein  35 
 
 
174 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000242559  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3504  hypothetical protein  35 
 
 
174 aa  42  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000722055  hitchhiker  0.00648337 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1582  hypothetical protein  35.44 
 
 
173 aa  42  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000319504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1573  hypothetical protein  35 
 
 
174 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000825555  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2508  hypothetical protein  30.28 
 
 
173 aa  42  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000257627  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2813  hypothetical protein  30.28 
 
 
173 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2006  hypothetical protein  28.36 
 
 
171 aa  41.2  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0454  hypothetical protein  32.99 
 
 
215 aa  40.8  0.006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.180134  normal  0.312368 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1618  hypothetical protein  35.44 
 
 
173 aa  40.8  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000831476  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0710  hypothetical protein  26.53 
 
 
143 aa  40  0.009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.304677 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1603  hypothetical protein  25.53 
 
 
173 aa  40  0.01  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000120656  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>