More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0905 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0905  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 117 aa  232  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.131454  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3871  MerR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 117 aa  86.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2788  MerR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 127 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2967  MerR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 127 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 147 aa  68.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 139 aa  67.4  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 143 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  39.42 
 
 		 149 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  44.12 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 171 aa  65.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0713  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.979534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2733  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2470  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0085  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 117 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0082  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 117 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  45.59 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0086  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 117 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  37.17 
 
 		 159 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 149 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  35.4 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  47.06 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  35.4 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.82 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  42.65 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  34.86 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.82 
 
 		 154 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.82 
 
 		 154 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2699  MerR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 171 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2318  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.82 
 
 		 154 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  45.59 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.82 
 
 		 154 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  47.76 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 141 aa  62.8  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  38.6 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  36.7 
 
 		 147 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  38.78 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4523  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 149 aa  62  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.79 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.79 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  33.63 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  37.62 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  37.62 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.62 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  37.62 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.62 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.62 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2322  MerR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 139 aa  60.8  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.62 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4002  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  32.11 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0220  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0194  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 153 aa  60.5  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.324696 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1103  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1117  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2902  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1604  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2912  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0392  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0882  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.656142 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0470  putative transcriptional regulator, MerR family  31.82 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1311  MerR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6040  MerR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  44.78 
 
 		 128 aa  60.1  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.14 
 
 		 142 aa  60.1  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  30.97 
 
 		 171 aa  60.1  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.19 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02170  predicted transcriptional regulator  42.65 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1534  transcriptional regulator, MerR family  32.73 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0334786  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 137 aa  59.7  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2399  transcriptional regulator, MerR family  42.65 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000424023  normal  0.796089 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0477  MerR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.65 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 149 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  44.12 
 
 		 155 aa  58.5  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0438  transcriptional regulator, MerR family  30.71 
 
 		 137 aa  58.2  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2155  transcriptional regulator, MerR family  33.98 
 
 		 167 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000155365  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.65 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.65 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2325  MerR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.65 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.65 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0894  MerR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 133 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  40.91 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1808  transcriptional regulator, MerR family  33.04 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.306071  normal  0.126025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>