More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2152 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2152  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  100 
 
 
238 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00746695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3590  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  100 
 
 
238 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1693  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  97.06 
 
 
238 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.181264 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1669  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  95.8 
 
 
238 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3861  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  87.82 
 
 
240 aa  430  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1902  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  86.55 
 
 
240 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00128239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2107  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  85.29 
 
 
240 aa  417  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.909521  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25400  putative phosphodiesterase  82.77 
 
 
240 aa  404  1e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2170  putative phosphodiesterase  81.51 
 
 
240 aa  397  1e-110  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1604  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  80.59 
 
 
239 aa  394  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.547241  normal  0.098151 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14680  Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  79.83 
 
 
240 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1922  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  41.05 
 
 
257 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.372614  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3887  glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.05 
 
 
241 aa  130  1e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.477333  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5503  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  33.19 
 
 
241 aa  128  8e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5454  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  33.19 
 
 
241 aa  128  9e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0662  glycerophosphodiester phosphodiesterase  37.11 
 
 
304 aa  126  2e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0956645  normal  0.017312 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5054  glycerophosphodiester phosphodiesterase (glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)  33.19 
 
 
241 aa  126  2e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5622  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  33.19 
 
 
241 aa  127  2e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5222  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  33.19 
 
 
241 aa  127  2e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5552  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.76 
 
 
241 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5466  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  33.19 
 
 
241 aa  125  4e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5167  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.76 
 
 
241 aa  125  4e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5496  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.76 
 
 
241 aa  125  8e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.779081  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5070  glycerophosphodiester phosphodiesterase (glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)  32.33 
 
 
241 aa  122  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.422276  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4010  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.51 
 
 
242 aa  120  2e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2131  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  29.44 
 
 
238 aa  116  4e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0258  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.29 
 
 
242 aa  115  8e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0683  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.06 
 
 
238 aa  113  2e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3912  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.46 
 
 
242 aa  112  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.22775e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4391  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.35 
 
 
242 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4074  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.35 
 
 
242 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4189  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.46 
 
 
242 aa  112  4e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.1026e-15 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1652  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.19 
 
 
247 aa  112  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0300286  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4299  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.46 
 
 
242 aa  112  7e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.937332  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2863  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.29 
 
 
242 aa  111  1e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3921  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.06 
 
 
242 aa  110  2e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0201404  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4241  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.06 
 
 
242 aa  109  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.419754  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2884  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.3 
 
 
632 aa  108  7e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  1.39686e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2200  hypothetical protein  31.62 
 
 
239 aa  108  8e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2312  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.39 
 
 
244 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2228  hypothetical protein  31.62 
 
 
239 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0606  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.34 
 
 
239 aa  107  1e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0955  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.06 
 
 
242 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.366461  hitchhiker  0.00375744 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4279  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  27.67 
 
 
242 aa  107  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13160  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.03 
 
 
249 aa  106  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1581  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.03 
 
 
236 aa  105  5e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.565806  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1178  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.17 
 
 
245 aa  105  5e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.814209 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0060  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.14 
 
 
240 aa  105  6e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0090  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.44 
 
 
607 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0112  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.56 
 
 
260 aa  104  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0095  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.44 
 
 
607 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0238  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.48 
 
 
249 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.204262 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0091  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.44 
 
 
607 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2746  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.47 
 
 
253 aa  102  7e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.813448  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1999  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.68 
 
 
276 aa  102  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5469  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.19 
 
 
254 aa  101  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0220  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.3 
 
 
254 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3655  glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.05 
 
 
253 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.244808  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1875  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.47 
 
 
254 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.330733  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4260  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.57 
 
 
607 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0424  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.78 
 
 
245 aa  99.4  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0513  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.58 
 
 
262 aa  99  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0978  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.83 
 
 
259 aa  99  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.337552  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1167  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.46 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.485039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0998  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.51 
 
 
257 aa  97.8  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1405  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  9.95679e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2677  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.52 
 
 
594 aa  97.8  1e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.867713 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0129  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.33 
 
 
249 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0199  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.39 
 
 
305 aa  98.2  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1506  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.46 
 
 
289 aa  97.1  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0614299  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0420  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.35 
 
 
247 aa  96.7  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.96 
 
 
241 aa  96.7  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.957647  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0069  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.61 
 
 
235 aa  96.3  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.571737  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3752  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.48 
 
 
238 aa  96.3  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00938184  normal  0.068906 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0074  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.36 
 
 
257 aa  96.3  4e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0266  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.17 
 
 
247 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0995  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.09 
 
 
257 aa  95.5  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4202  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.56 
 
 
261 aa  95.5  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0660  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  28.76 
 
 
253 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3857  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.05 
 
 
248 aa  95.5  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03298  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.82 
 
 
247 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.96147  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0267  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.82 
 
 
247 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0866161  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03251  hypothetical protein  29.82 
 
 
247 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.957517  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1216  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.23 
 
 
237 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.112264  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1509  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.03 
 
 
242 aa  94.4  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5255  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.43 
 
 
263 aa  94.4  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0937  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.67 
 
 
257 aa  94.4  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.351639  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0121  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.9 
 
 
249 aa  94  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4506  glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.76 
 
 
253 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3727  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30 
 
 
247 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3646  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.82 
 
 
247 aa  94  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4762  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.39 
 
 
247 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240118 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1000  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.64 
 
 
242 aa  93.6  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0943134  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2276  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.3 
 
 
284 aa  93.6  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.295611  normal  0.447172 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0230  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.68 
 
 
276 aa  94  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18890  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.78 
 
 
266 aa  93.2  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.231649  normal  0.337181 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1397  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.44 
 
 
227 aa  93.2  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3926  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.82 
 
 
247 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1800  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.55 
 
 
280 aa  92.8  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.657691  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1364  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.37 
 
 
242 aa  92.8  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  6.43821e-05  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>