More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1693 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1693  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  100 
 
 
238 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.181264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2152  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  97.06 
 
 
238 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00746695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3590  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  97.06 
 
 
238 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1669  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  94.54 
 
 
238 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3861  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  86.13 
 
 
240 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2107  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  84.87 
 
 
240 aa  417  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.909521  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1902  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  85.71 
 
 
240 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00128239 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25400  putative phosphodiesterase  81.51 
 
 
240 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2170  putative phosphodiesterase  80.25 
 
 
240 aa  391  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1604  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  79.75 
 
 
239 aa  387  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.547241  normal  0.098151 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14680  Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  78.57 
 
 
240 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1922  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  40.17 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.372614  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3887  glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.62 
 
 
241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.477333  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0662  glycerophosphodiester phosphodiesterase  37.11 
 
 
304 aa  126  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0956645  normal  0.017312 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5454  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.76 
 
 
241 aa  125  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5503  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.76 
 
 
241 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5222  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.76 
 
 
241 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5622  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.76 
 
 
241 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5167  glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.19 
 
 
241 aa  124  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5054  glycerophosphodiester phosphodiesterase (glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)  32.76 
 
 
241 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5552  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.33 
 
 
241 aa  123  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5466  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.76 
 
 
241 aa  122  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5496  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.33 
 
 
241 aa  122  5e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.779081  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4010  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.33 
 
 
242 aa  121  7e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5070  glycerophosphodiester phosphodiesterase (glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)  31.9 
 
 
241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.422276  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4074  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  30.29 
 
 
242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4391  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  30.29 
 
 
242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4189  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.99 
 
 
242 aa  112  5e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000031026 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3912  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.99 
 
 
242 aa  112  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000222775  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0258  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.88 
 
 
242 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2131  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  29 
 
 
238 aa  111  8.000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2863  glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.15 
 
 
242 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4299  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.99 
 
 
242 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.937332  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3921  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.57 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0201404  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0683  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38.2 
 
 
238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4241  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.06 
 
 
242 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.419754  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0955  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.06 
 
 
242 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.366461  hitchhiker  0.00375744 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2228  hypothetical protein  31.2 
 
 
239 aa  106  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2884  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.87 
 
 
632 aa  106  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000139686  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1652  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.77 
 
 
247 aa  106  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0300286  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4279  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  27.67 
 
 
242 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2200  hypothetical protein  31.2 
 
 
239 aa  105  5e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2312  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  27.97 
 
 
244 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0090  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.39 
 
 
607 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0095  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.39 
 
 
607 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1581  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.03 
 
 
236 aa  103  2e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.565806  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13160  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.6 
 
 
249 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1178  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.74 
 
 
245 aa  103  3e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.814209 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0606  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.91 
 
 
239 aa  103  3e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0060  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.7 
 
 
240 aa  102  4e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2746  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.89 
 
 
253 aa  102  5e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.813448  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0091  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.39 
 
 
607 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5469  glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.05 
 
 
254 aa  102  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0978  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.67 
 
 
259 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.337552  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1999  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.28 
 
 
276 aa  99.8  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0238  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.05 
 
 
249 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.204262 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3655  glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.62 
 
 
253 aa  99.8  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.244808  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2677  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.4 
 
 
594 aa  99.4  4e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.867713 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0112  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.56 
 
 
260 aa  99.4  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4260  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.51 
 
 
607 aa  99.4  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0513  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.89 
 
 
262 aa  99  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3752  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.19 
 
 
238 aa  97.8  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00938184  normal  0.068906 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1875  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.47 
 
 
254 aa  97.8  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.330733  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0199  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.75 
 
 
305 aa  97.4  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0424  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.35 
 
 
245 aa  96.7  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1506  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.16 
 
 
289 aa  95.9  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0614299  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.96 
 
 
241 aa  96.3  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.957647  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1167  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.02 
 
 
233 aa  96.3  4e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.485039  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0069  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.61 
 
 
235 aa  96.3  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.571737  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4202  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.44 
 
 
261 aa  95.9  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0266  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.17 
 
 
247 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03298  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.82 
 
 
247 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.96147  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0267  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.82 
 
 
247 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0866161  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1216  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.02 
 
 
237 aa  95.1  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.112264  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03251  hypothetical protein  29.82 
 
 
247 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.957517  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0220  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.43 
 
 
254 aa  95.1  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0998  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.17 
 
 
257 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1405  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.57 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000995679  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3857  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.48 
 
 
248 aa  94.7  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3646  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.82 
 
 
247 aa  94  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3727  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.43 
 
 
247 aa  94  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0129  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.47 
 
 
249 aa  94  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4762  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.39 
 
 
247 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240118 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4138  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.44 
 
 
249 aa  93.6  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0420  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  26.92 
 
 
247 aa  94  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0660  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  29.79 
 
 
253 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3926  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.82 
 
 
247 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0995  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.75 
 
 
257 aa  92.8  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0074  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.82 
 
 
257 aa  92.8  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1509  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.74 
 
 
242 aa  92.4  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0230  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.3 
 
 
276 aa  92.4  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3875  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.39 
 
 
247 aa  92  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0071  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.45 
 
 
607 aa  92  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0937  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.33 
 
 
257 aa  92  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.351639  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4506  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.79 
 
 
253 aa  92  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1000  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.23 
 
 
242 aa  91.7  9e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0943134  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18890  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.78 
 
 
266 aa  91.7  9e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.231649  normal  0.337181 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1306  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.62 
 
 
293 aa  91.7  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2333  glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytosolic  29.49 
 
 
241 aa  91.7  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111179  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2484  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.1 
 
 
256 aa  90.9  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.168418 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>