More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0316 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0402  iron-sulfur cluster-binding protein  84.97 
 
 
366 aa  647  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501485  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0337  oxidoreductase FAD-binding subunit  99.18 
 
 
366 aa  759  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00256748  normal  0.662502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4891  oxidoreductase FAD-binding subunit  97.28 
 
 
390 aa  752  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0931607  normal  0.322747 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0316  oxidoreductase FAD-binding domain protein  100 
 
 
368 aa  768  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482566  decreased coverage  2.417e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5215  oxidoreductase FAD-binding region  86.61 
 
 
366 aa  672  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11132  hitchhiker  0.00973319 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0339  oxidoreductase FAD-binding subunit  99.18 
 
 
366 aa  758  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0495555  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4775  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  84.7 
 
 
366 aa  665  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.05576 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6200  putative ferredoxin  81.97 
 
 
366 aa  624  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71420  putative ferredoxin  81.97 
 
 
366 aa  624  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4136  oxidoreductase FAD-binding subunit  81.37 
 
 
367 aa  622  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1005  oxidoreductase FAD-binding protein  71.47 
 
 
368 aa  556  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2665  oxidoreductase FAD-binding subunit  69.42 
 
 
396 aa  543  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.202569  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4030  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  65.3 
 
 
365 aa  513  1e-144  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2855  ferredoxin  45.6 
 
 
394 aa  334  1e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3295  oxidoreductase FAD-binding subunit  47.41 
 
 
385 aa  328  7e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1188  ferredoxin  45.68 
 
 
355 aa  325  1e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5014  oxidoreductase FAD-binding subunit  48.41 
 
 
382 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240099  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4489  oxidoreductase FAD-binding subunit  48.41 
 
 
382 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.320814  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4814  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  48.13 
 
 
386 aa  323  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.501777  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1577  putative ferredoxin oxidoreductase protein  44.77 
 
 
418 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3554  oxidoreductase FAD-binding subunit  45.3 
 
 
382 aa  322  6e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2116  iron-sulfur cluster-binding protein  47.4 
 
 
381 aa  321  1e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.994866  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0748  putative ferredoxin, 2Fe-2S  47.4 
 
 
380 aa  321  1e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0702  putative ferredoxin, 2Fe-2S  47.11 
 
 
380 aa  320  2e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.54952  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0998  putative ferredoxin, 2Fe-2S  47.11 
 
 
380 aa  320  2e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0388253  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0479  putative ferredoxin, 2Fe-2S  47.11 
 
 
381 aa  320  2e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1971  putative ferredoxin, 2Fe-2S  47.11 
 
 
380 aa  320  2e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.851205  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0836  putative ferredoxin, 2Fe-2S  47.97 
 
 
380 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5208  oxidoreductase FAD-binding subunit  44.93 
 
 
382 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2477  ferredoxin  47.56 
 
 
379 aa  317  3e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.949989 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5071  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  45.26 
 
 
414 aa  316  4e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407916  hitchhiker  0.00354835 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3291  oxidoreductase FAD-binding region  44.93 
 
 
382 aa  316  5e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5077  oxidoreductase FAD-binding subunit  44.93 
 
 
382 aa  316  5e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0579  ferredoxin/oxidoreductase  44.93 
 
 
382 aa  315  1e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02038  ferredoxin oxidoreductase protein  45.58 
 
 
382 aa  314  1e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.365456 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0484  ferredoxin  43.36 
 
 
364 aa  314  2e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1860  iron-sulfur cluster-binding protein  47.81 
 
 
379 aa  313  3e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2831  ferredoxin  48 
 
 
358 aa  311  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0794308  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4002  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  44.67 
 
 
381 aa  298  8e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.924171  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0982  ferredoxin I  41.97 
 
 
362 aa  298  9e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3397  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  43.94 
 
 
375 aa  297  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5978  ferredoxin  43.47 
 
 
364 aa  297  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.430172  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1070  oxidoreductase FAD-binding subunit  43.58 
 
 
361 aa  295  8e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4058  oxidoreductase FAD-binding subunit  43.37 
 
 
383 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0362952  normal  0.241879 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4042  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  45.53 
 
 
375 aa  290  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.186376 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3747  oxidoreductase FAD-binding subunit  44.51 
 
 
375 aa  290  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.225631 
 
 
-
 
NC_004310  BR1462  NADH oxidoreductase, putative  41.32 
 
 
372 aa  291  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.345138  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3218  ferredoxin  42.61 
 
 
355 aa  289  6e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33819  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3979  ferredoxin  44.92 
 
 
353 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1056  oxidoreductase FAD-binding subunit  41.69 
 
 
374 aa  285  8e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4292  FHA domain containing protein  43.15 
 
 
606 aa  285  9e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.168951  normal  0.224479 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4230  FHA domain containing protein  43.15 
 
 
606 aa  285  9e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1711  ferredoxin  41.71 
 
 
372 aa  285  1e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6856  ferredoxin  42.66 
 
 
381 aa  273  4e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1002  oxidoreductase FAD-binding subunit  42.82 
 
 
363 aa  270  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0859657  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1166  oxidoreductase FAD-binding subunit  38.55 
 
 
367 aa  268  9e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3010  oxidoreductase FAD-binding subunit  42.65 
 
 
380 aa  262  6e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4844  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  41.45 
 
 
356 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0431343 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2913  oxidoreductase FAD-binding subunit  42.07 
 
 
380 aa  260  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5288  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  40.12 
 
 
363 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.632487  normal  0.142716 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3608  oxidoreductase FAD-binding subunit  38.02 
 
 
403 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3096  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  40.46 
 
 
387 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.592741  normal  0.0476829 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1294  oxidoreductase FAD-binding subunit  39.48 
 
 
388 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2831  oxidoreductase FAD-binding subunit  41.5 
 
 
376 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.926186  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1217  oxidoreductase FAD-binding subunit  40.17 
 
 
406 aa  255  8e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.640214  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1261  ferredoxin  37.71 
 
 
365 aa  254  2e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.48547  hitchhiker  0.000283754 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1175  oxidoreductase FAD-binding subunit  39.39 
 
 
371 aa  251  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1364  iron-sulfur cluster-binding protein  41.67 
 
 
325 aa  241  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0896  iron-sulfur cluster-binding protein  42.56 
 
 
356 aa  238  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.844973 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1261  oxidoreductase FAD-binding subunit  37.06 
 
 
407 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4896  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  34.99 
 
 
342 aa  207  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.699955 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00340  putative NADH oxidoreductase; putative nitric oxide dioxygenase  34.88 
 
 
585 aa  206  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003800  NADH oxidoreductase Hcr  32.69 
 
 
351 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3690  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  29.01 
 
 
468 aa  191  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0093  putative NADH oxidoreductase; putative nitric oxide dioxygenase  32.62 
 
 
670 aa  190  3e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.303734 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3715  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.42 
 
 
467 aa  190  4e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.437326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3770  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  34.56 
 
 
585 aa  189  6e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708524  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1085  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.95 
 
 
702 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2468  oxidoreductase FAD-binding region  35.07 
 
 
625 aa  187  3e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.82591  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001340  ferredoxin-NADPH reductase  32.18 
 
 
605 aa  186  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2337  hypothetical protein  32.18 
 
 
627 aa  186  5e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0195  oxidoreductase  32.1 
 
 
597 aa  186  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0404  oxidoreductase, NAD/FAD/2Fe-2S iron-sulfur cluster binding protein  30.45 
 
 
373 aa  185  1e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363299  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6652  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.71 
 
 
688 aa  180  3e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.640624  normal  0.369043 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2334  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.44 
 
 
669 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.896317 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0315  hypothetical protein  33.81 
 
 
662 aa  177  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5188  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  32.03 
 
 
356 aa  176  9e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726966  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05229  ferredoxin/oxidoreductase  31.81 
 
 
605 aa  172  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6898  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  30.46 
 
 
677 aa  170  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1665  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  29.07 
 
 
334 aa  163  5e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.785012 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1564  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.18 
 
 
348 aa  155  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.517649 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1546  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  29.41 
 
 
354 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729888  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4115  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  28.61 
 
 
345 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3723  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  30.22 
 
 
358 aa  150  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.571859 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3712  ferredoxin  28.95 
 
 
339 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.709133  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1068  oxidoreductase FAD-binding subunit  31.61 
 
 
384 aa  147  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.570837  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3785  ferredoxin  28.95 
 
 
339 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.870039  normal  0.280135 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2973  oxidoreductase FAD-binding subunit  29.65 
 
 
341 aa  146  6e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1392  ferredoxin  30.14 
 
 
376 aa  146  7e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.265627 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3725  ferredoxin  28.95 
 
 
339 aa  146  7e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>