More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1091 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3224  putative GTP-binding protein YjiA  95.43 
 
 		 328 aa  643    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0778191  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1091  putative GTP-binding protein YjiA  100 
 
 		 328 aa  669    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0580  putative GTP-binding protein YjiA  75.08 
 
 		 320 aa  478  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04218  predicted GTPase  67.94 
 
 		 318 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3645  cobalamin synthesis protein P47K  68.25 
 
 		 318 aa  429  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3714  putative GTP-binding protein YjiA  67.94 
 
 		 318 aa  428  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4892  putative GTP-binding protein YjiA  67.94 
 
 		 318 aa  428  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5864  putative GTP-binding protein YjiA  67.94 
 
 		 318 aa  428  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04184  hypothetical protein  67.94 
 
 		 318 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4943  putative GTP-binding protein YjiA  69.62 
 
 		 318 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.715992 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4783  putative GTP-binding protein YjiA  69.3 
 
 		 318 aa  427  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.120567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4944  putative GTP-binding protein YjiA  67.94 
 
 		 318 aa  428  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4884  putative GTP-binding protein YjiA  69.21 
 
 		 318 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4878  putative GTP-binding protein YjiA  67.62 
 
 		 318 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4572  putative GTP-binding protein YjiA  67.94 
 
 		 318 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4857  putative GTP-binding protein YjiA  69.21 
 
 		 318 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0960  putative GTP-binding protein YjiA  64.06 
 
 		 320 aa  425  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4936  putative GTP-binding protein YjiA  69.3 
 
 		 318 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.518194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0962  putative GTP-binding protein YjiA  64.06 
 
 		 322 aa  420  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.177818  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0509  putative GTP-binding protein YjiA  67.41 
 
 		 317 aa  420  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0635943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4881  cobalamin synthesis protein/P47K  52.62 
 
 		 323 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5244  hypothetical protein  51.83 
 
 		 334 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536165  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40980  Cobalamin synthesis protein  51.83 
 
 		 323 aa  332  6e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60920  hypothetical protein  51.52 
 
 		 334 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0800  cobalamin synthesis protein P47K  50.46 
 
 		 325 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4271  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  51.86 
 
 		 325 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4501  cobalamin synthesis protein, P47K  50.46 
 
 		 325 aa  319  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4636  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  52.2 
 
 		 325 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4633  cobalamin synthesis protein P47K  50.46 
 
 		 325 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371646  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4639  CobW/P47K family protein  50.62 
 
 		 323 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  45.25 
 
 		 328 aa  259  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2998  cobalamin synthesis protein P47K  41.32 
 
 		 387 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249675 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3135  cobalamin synthesis protein, P47K  41.21 
 
 		 388 aa  259  6e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.470512  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3834  cobalamin synthesis protein P47K  42.38 
 
 		 343 aa  258  7e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3089  cobalamin synthesis protein, P47K  40.98 
 
 		 393 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356771  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2475  cobalamin synthesis protein, P47K  40.98 
 
 		 393 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557967  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3084  cobalamin synthesis protein P47K  41.62 
 
 		 359 aa  255  8e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0345  cobalamin synthesis protein P47K  40.85 
 
 		 362 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.593082 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3386  hypothetical protein  41.87 
 
 		 347 aa  253  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3439  cobalamin synthesis protein, P47K  42.56 
 
 		 351 aa  253  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.745732  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0904  cobalamin synthesis protein P47K  41.49 
 
 		 349 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0127  cobalamin synthesis protein P47K  40.38 
 
 		 363 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6439  cobalamin synthesis protein/P47K  41.34 
 
 		 359 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0807  cobalamin synthesis protein, P47K  40.41 
 
 		 359 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.591841  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0072  cobalamin synthesis protein P47K  40.74 
 
 		 362 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1188  cobalamin synthesis protein P47K  41.9 
 
 		 339 aa  250  2e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0038044  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  40.88 
 
 		 353 aa  249  4e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  40.71 
 
 		 352 aa  248  7e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  40.44 
 
 		 319 aa  247  2e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1883  cobalamin synthesis protein P47K  41.4 
 
 		 316 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.327033  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0163  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  40.86 
 
 		 357 aa  245  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3380  cobalamin synthesis protein P47K  40.46 
 
 		 359 aa  245  8e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.4 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0205  CobW/P47K family protein  41.29 
 
 		 358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.29 
 
 		 358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.338794  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0193  CobW/P47K family protein  41.29 
 
 		 358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.294373  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  40.62 
 
 		 319 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3256  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.29 
 
 		 358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.162964  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2918  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.29 
 
 		 358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0872325  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0389  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.29 
 
 		 358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0168  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.41 
 
 		 357 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3430  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.29 
 
 		 358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1879  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.94 
 
 		 319 aa  243  3e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1063  cobalamin synthesis protein, P47K  40.65 
 
 		 352 aa  243  3e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  41.19 
 
 		 350 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2021  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.4 
 
 		 316 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.53794  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2023  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.76 
 
 		 316 aa  242  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0047  hypothetical protein  40.4 
 
 		 362 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1849  cobalamin synthesis protein  40.76 
 
 		 316 aa  241  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443827  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3286  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.63 
 
 		 316 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2134  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.76 
 
 		 316 aa  239  5.999999999999999e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2101  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.76 
 
 		 316 aa  238  1e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3703  cobalamin synthesis protein P47K  39.27 
 
 		 362 aa  235  7e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.847645 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  39.26 
 
 		 356 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  42.36 
 
 		 323 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  42.36 
 
 		 323 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  41.08 
 
 		 323 aa  222  8e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  40.95 
 
 		 323 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  40.43 
 
 		 404 aa  220  3e-56  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5187  cobalamin synthesis protein P47K  39.44 
 
 		 323 aa  219  3.9999999999999997e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.491695  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3106  cobalamin synthesis protein P47K  52.73 
 
 		 395 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.405952 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  38.91 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4377  hypothetical protein  53.62 
 
 		 363 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2994  cobalamin synthesis protein P47K  52.63 
 
 		 372 aa  208  9e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3684  cobalamin synthesis protein, P47K  52.63 
 
 		 369 aa  208  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1456  cobalamin synthesis protein P47K  50.93 
 
 		 384 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  36.08 
 
 		 353 aa  206  4e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  40.25 
 
 		 326 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  35.41 
 
 		 361 aa  205  8e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  35.61 
 
 		 350 aa  204  1e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  39.68 
 
 		 332 aa  204  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41508  predicted protein  39.09 
 
 		 394 aa  204  2e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.328338  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  34.85 
 
 		 364 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  36.55 
 
 		 345 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  35.69 
 
 		 349 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  35.41 
 
 		 350 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  35.33 
 
 		 347 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3432  cobalamin synthesis protein/P47K  39.05 
 
 		 347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  38.27 
 
 		 320 aa  199  6e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3468  cobalamin synthesis protein, P47K  35.28 
 
 		 355 aa  198  9e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.246587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>