220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1044 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  70.9 
 
 		 491 aa  677    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  71.11 
 
 		 491 aa  681    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  71.11 
 
 		 491 aa  682    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  78.28 
 
 		 492 aa  739    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  79.1 
 
 		 492 aa  744    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  71.11 
 
 		 491 aa  681    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  70.9 
 
 		 491 aa  677    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3072  muropeptide transporter  77.17 
 
 		 489 aa  662    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000553099  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0486  muropeptide transporter  71.93 
 
 		 491 aa  673    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00924697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0547  muropeptide transporter  71.93 
 
 		 491 aa  675    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  71.72 
 
 		 491 aa  671    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  78.28 
 
 		 492 aa  737    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  95.15 
 
 		 495 aa  916    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  71.11 
 
 		 491 aa  682    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  71.11 
 
 		 491 aa  682    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  71.93 
 
 		 493 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  78.28 
 
 		 492 aa  737    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0484  muropeptide transporter  71.93 
 
 		 493 aa  673    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000603755  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  71.11 
 
 		 491 aa  682    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2881  muropeptide transporter  72.75 
 
 		 489 aa  681    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457618  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  100 
 
 		 495 aa  977    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  70.61 
 
 		 491 aa  685    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  71.31 
 
 		 491 aa  682    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  68.4 
 
 		 426 aa  532  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  68.15 
 
 		 429 aa  531  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  66.03 
 
 		 429 aa  534  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  67.98 
 
 		 419 aa  525  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0146  muropeptide transporter  67.49 
 
 		 426 aa  504  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2276  major facilitator superfamily MFS_1  51.82 
 
 		 416 aa  390  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  49.24 
 
 		 412 aa  374  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0289  AmpG protein  48.04 
 
 		 433 aa  370  1e-101  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1901  AmpG  47.79 
 
 		 433 aa  369  1e-101  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.165833  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  50.87 
 
 		 428 aa  365  1e-100  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  50.52 
 
 		 416 aa  355  1e-96  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1218  major facilitator superfamily MFS_1  49.13 
 
 		 425 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  46.11 
 
 		 388 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4070  HNH endonuclease  45.34 
 
 		 509 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0706  putative ampG protein  44.53 
 
 		 426 aa  298  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2483  major facilitator transporter  44.99 
 
 		 411 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0320  ampG protein, putative  44.27 
 
 		 409 aa  272  9e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2937  major facilitator transporter  42.45 
 
 		 443 aa  271  2e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3834  major facilitator transporter  37.4 
 
 		 417 aa  269  8e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3244  AmpG-related permease  38.94 
 
 		 437 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2905  AmpG-related permease  38.94 
 
 		 437 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2184  AmpG-related permease  38.94 
 
 		 437 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.452697  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3443  AmpG-related permease  38.94 
 
 		 437 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0375  major facilitator superfamily muropeptide transporter  38.94 
 
 		 437 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3691  major facilitator transporter  42.93 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0180  major facilitator transporter  38.94 
 
 		 437 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.277448  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0190  major facilitator transporter  38.94 
 
 		 437 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0830  hypothetical protein  38.33 
 
 		 415 aa  266  4e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0856  hypothetical protein  38.75 
 
 		 419 aa  266  5e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0600  AmpG protein  38.48 
 
 		 428 aa  266  8.999999999999999e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.674312  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  39.76 
 
 		 457 aa  262  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0128  major facilitator transporter  40.44 
 
 		 422 aa  261  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2487  major facilitator transporter  38.14 
 
 		 473 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.60868  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3101  major facilitator transporter  38.14 
 
 		 473 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  40.38 
 
 		 459 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3117  major facilitator transporter  37.91 
 
 		 473 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3039  major facilitator transporter  37.73 
 
 		 473 aa  259  6e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4390  major facilitator superfamily (MFS)muropeptide transporter  36.55 
 
 		 464 aa  259  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3063  major facilitator transporter  42.31 
 
 		 452 aa  259  9e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797307  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3156  major facilitator transporter  37.5 
 
 		 473 aa  259  9e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6452  major facilitator transporter  37.5 
 
 		 473 aa  259  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.554159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0155  AmpG-related permease  39.14 
 
 		 437 aa  258  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0664  major facilitator transporter  39.33 
 
 		 456 aa  256  6e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757276  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3098  major facilitator transporter  36.81 
 
 		 473 aa  256  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  35.7 
 
 		 463 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  35.43 
 
 		 472 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  35.48 
 
 		 465 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0333  major facilitator superfamily MFS_1  37.02 
 
 		 464 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  35.62 
 
 		 463 aa  251  3e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  36.82 
 
 		 466 aa  250  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0059  major facilitator transporter  35.25 
 
 		 464 aa  250  5e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.955073  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  35.24 
 
 		 461 aa  248  1e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  34.95 
 
 		 471 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0770  major facilitator transporter  39.32 
 
 		 455 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.742854 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  35.23 
 
 		 476 aa  247  3e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  35.68 
 
 		 478 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  34.78 
 
 		 471 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  34.78 
 
 		 471 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  35.24 
 
 		 472 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7340  major facilitator superfamily permease  40.87 
 
 		 460 aa  239  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  34.02 
 
 		 465 aa  236  9e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2561  major facilitator transporter  38.99 
 
 		 517 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.249955  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  34.1 
 
 		 471 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  34.1 
 
 		 471 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1287  major facilitator superfamily MFS_1  39.24 
 
 		 517 aa  233  5e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1388  major facilitator superfamily MFS_1  38.99 
 
 		 517 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.344668  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  33.96 
 
 		 475 aa  230  4e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0152  major facilitator superfamily transporter  36.27 
 
 		 466 aa  229  9e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.421087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1449  major facilitator transporter  40.24 
 
 		 453 aa  228  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5113  major facilitator superfamily MFS_1  41.54 
 
 		 463 aa  227  4e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  36.97 
 
 		 478 aa  225  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  35.64 
 
 		 443 aa  224  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  38.06 
 
 		 447 aa  223  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  34.74 
 
 		 462 aa  223  6e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  34.85 
 
 		 447 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1309  major facilitator transporter  35.61 
 
 		 475 aa  219  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.327307  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0209  major facilitator transporter  35.41 
 
 		 466 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>