55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0044 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0044  hypothetical protein  100 
 
 
185 aa  380  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0036  hypothetical protein  85.23 
 
 
176 aa  308  3e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.239823 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0615  hypothetical protein  75.71 
 
 
174 aa  276  9e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.190546  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0218  hypothetical protein  74.43 
 
 
174 aa  270  8e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.236167  normal  0.0484329 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0353  hypothetical protein  76.14 
 
 
175 aa  266  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0427  protein of unknown function DUF1058  73.3 
 
 
174 aa  264  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0072  hypothetical protein  80.29 
 
 
137 aa  243  1e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237291  normal  0.464662 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0510  hypothetical protein  62.24 
 
 
192 aa  196  2e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.833855  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2486  protein of unknown function DUF1058  62.59 
 
 
177 aa  194  7e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.11896 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4125  hypothetical protein  57.45 
 
 
183 aa  183  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.111694  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2231  hypothetical protein  58.28 
 
 
194 aa  174  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.115294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0379  protein of unknown function DUF1058  55.7 
 
 
187 aa  172  3e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403111  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0422  hypothetical protein  55.26 
 
 
197 aa  166  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.26681 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0455  protein of unknown function DUF1058  55.26 
 
 
197 aa  166  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0492  protein of unknown function DUF1058  54.61 
 
 
197 aa  165  3e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.216806 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0735  hypothetical protein  51.7 
 
 
190 aa  159  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2687  hypothetical protein  46.56 
 
 
187 aa  158  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2088  hypothetical protein  45.14 
 
 
245 aa  157  7e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2176  hypothetical protein  45.14 
 
 
181 aa  156  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3642  hypothetical protein  41.67 
 
 
199 aa  155  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  5.44722e-08 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4408  protein of unknown function DUF1058  41.81 
 
 
179 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3379  hypothetical protein  43.79 
 
 
183 aa  146  2e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393119  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3942  hypothetical protein  42.08 
 
 
185 aa  145  4e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4088  protein of unknown function DUF1058  45.27 
 
 
179 aa  145  4e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0315  hypothetical protein  45.39 
 
 
179 aa  144  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1266  hypothetical protein  38.37 
 
 
185 aa  144  8e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3789  hypothetical protein  40.25 
 
 
186 aa  133  1e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5957  protein of unknown function DUF1058  37.97 
 
 
184 aa  133  1e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0475342  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0986  hypothetical protein  44.68 
 
 
203 aa  133  1e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1942  hypothetical protein  43.57 
 
 
200 aa  133  1e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398084  decreased coverage  0.00719314 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3061  hypothetical protein  40.48 
 
 
188 aa  132  2e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2312  hypothetical protein  44.68 
 
 
191 aa  133  2e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.418457  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0479  hypothetical protein  42.03 
 
 
200 aa  130  1e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2188  hypothetical protein  43.26 
 
 
197 aa  128  5e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2971  hypothetical protein  39.86 
 
 
204 aa  125  4e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1100  hypothetical protein  39.05 
 
 
239 aa  122  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00740954  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0914  hypothetical protein  37.59 
 
 
190 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5059  hypothetical protein  37.2 
 
 
182 aa  110  1e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.549476 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2170  hypothetical protein  37.24 
 
 
177 aa  107  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.82966  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0779  hypothetical protein  41.38 
 
 
113 aa  94.7  6e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4584  hypothetical protein  31.82 
 
 
160 aa  94  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1176  hypothetical protein  31.5 
 
 
163 aa  89  4e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2000  protein of unknown function DUF1058  28.29 
 
 
367 aa  87.4  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2307  hypothetical protein  31.78 
 
 
173 aa  87  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0346  hypothetical protein  30 
 
 
149 aa  61.2  9e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00234847  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1125  hypothetical protein  35.35 
 
 
162 aa  58.9  4e-08  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2403  hypothetical protein  35.29 
 
 
156 aa  57  1e-07  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.482031  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0614  hypothetical protein  34.95 
 
 
149 aa  56.2  3e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1540  protein of unknown function DUF1058  28.16 
 
 
165 aa  55.8  4e-07  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1788  SH3 type 3 domain-containing protein  29.13 
 
 
158 aa  54.7  7e-07  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.292681  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1934  SH3 type 3 domain protein  29.13 
 
 
158 aa  54.7  7e-07  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.890926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3295  hypothetical protein  29.92 
 
 
158 aa  53.1  2e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2184  hypothetical protein  32 
 
 
141 aa  53.1  2e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.483241  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3400  protein of unknown function DUF1058  28.57 
 
 
153 aa  49.7  3e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3626  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.09 
 
 
476 aa  42  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  1.33632e-08  normal  0.124331 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>