54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1100 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1100  hypothetical protein  100 
 
 
239 aa  485  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00740954  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0315  hypothetical protein  47.7 
 
 
179 aa  162  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3379  hypothetical protein  46.93 
 
 
183 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393119  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5957  protein of unknown function DUF1058  42.78 
 
 
184 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0475342  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4088  protein of unknown function DUF1058  52.05 
 
 
179 aa  158  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4408  protein of unknown function DUF1058  45.45 
 
 
179 aa  158  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1266  hypothetical protein  40.68 
 
 
185 aa  155  7e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3942  hypothetical protein  49.66 
 
 
185 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2088  hypothetical protein  43.82 
 
 
245 aa  149  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2176  hypothetical protein  43.82 
 
 
181 aa  148  6e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0735  hypothetical protein  45.52 
 
 
190 aa  142  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0510  hypothetical protein  44.67 
 
 
192 aa  141  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.833855  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2486  protein of unknown function DUF1058  46.31 
 
 
177 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.11896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0455  protein of unknown function DUF1058  44.52 
 
 
197 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0422  hypothetical protein  44.52 
 
 
197 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.26681 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0492  protein of unknown function DUF1058  43.23 
 
 
197 aa  129  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.216806 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4125  hypothetical protein  41.29 
 
 
183 aa  129  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.111694  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0379  protein of unknown function DUF1058  43.71 
 
 
187 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403111  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3642  hypothetical protein  39.74 
 
 
199 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000544722 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0044  hypothetical protein  37.36 
 
 
185 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2687  hypothetical protein  42.01 
 
 
187 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2231  hypothetical protein  43.42 
 
 
194 aa  125  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.115294 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0072  hypothetical protein  43.26 
 
 
137 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237291  normal  0.464662 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0479  hypothetical protein  35.75 
 
 
200 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0036  hypothetical protein  36.78 
 
 
176 aa  119  6e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.239823 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0353  hypothetical protein  40.37 
 
 
175 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0615  hypothetical protein  39.58 
 
 
174 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.190546  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0218  hypothetical protein  39.58 
 
 
174 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.236167  normal  0.0484329 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3789  hypothetical protein  40.28 
 
 
186 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0427  protein of unknown function DUF1058  38.62 
 
 
174 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2971  hypothetical protein  38.46 
 
 
204 aa  104  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1942  hypothetical protein  35.17 
 
 
200 aa  97.4  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398084  decreased coverage  0.00719314 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0914  hypothetical protein  34.23 
 
 
190 aa  97.1  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0986  hypothetical protein  33.11 
 
 
203 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2312  hypothetical protein  33.11 
 
 
191 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.418457  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2000  protein of unknown function DUF1058  52.22 
 
 
367 aa  92.4  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3061  hypothetical protein  34.27 
 
 
188 aa  91.7  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2188  hypothetical protein  32.41 
 
 
197 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4584  hypothetical protein  34.04 
 
 
160 aa  90.5  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2170  hypothetical protein  36.3 
 
 
177 aa  89.4  5e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.82966  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0779  hypothetical protein  38.33 
 
 
113 aa  86.3  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1176  hypothetical protein  31.06 
 
 
163 aa  84.3  0.000000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2307  hypothetical protein  34.59 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5059  hypothetical protein  32.12 
 
 
182 aa  82  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.549476 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0346  hypothetical protein  25.98 
 
 
149 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00234847  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1934  SH3 type 3 domain protein  29.77 
 
 
158 aa  47.4  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.890926  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1788  SH3 type 3 domain-containing protein  29.77 
 
 
158 aa  47.4  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.292681  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2184  hypothetical protein  29.32 
 
 
141 aa  47  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.483241  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1125  hypothetical protein  30.22 
 
 
162 aa  46.2  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2403  hypothetical protein  28.16 
 
 
156 aa  45.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.482031  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3295  hypothetical protein  26.72 
 
 
158 aa  43.9  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3648  NLP/P60 protein  29.01 
 
 
391 aa  43.9  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0614  hypothetical protein  29.41 
 
 
149 aa  44.3  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0605  PgdS peptidase. cysteine peptidase. MEROPS family C40  26.17 
 
 
370 aa  41.6  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000243263  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>