67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3379 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3379  hypothetical protein  100 
 
 		 183 aa  377  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4408  protein of unknown function DUF1058  74.12 
 
 		 179 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4088  protein of unknown function DUF1058  77.85 
 
 		 179 aa  268  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0315  hypothetical protein  66.05 
 
 		 179 aa  234  4e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0735  hypothetical protein  63.01 
 
 		 190 aa  200  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3942  hypothetical protein  55.06 
 
 		 185 aa  198  5e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2088  hypothetical protein  57.32 
 
 		 245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2176  hypothetical protein  57.32 
 
 		 181 aa  195  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1266  hypothetical protein  48.85 
 
 		 185 aa  184  6e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1100  hypothetical protein  47.9 
 
 		 239 aa  158  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00740954  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0036  hypothetical protein  46.47 
 
 		 176 aa  153  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.239823 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4125  hypothetical protein  47.44 
 
 		 183 aa  149  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.111694  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0044  hypothetical protein  43.79 
 
 		 185 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0353  hypothetical protein  46.5 
 
 		 175 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0615  hypothetical protein  41.28 
 
 		 174 aa  142  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.190546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3642  hypothetical protein  42.76 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000544722 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2486  protein of unknown function DUF1058  41.56 
 
 		 177 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.11896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0427  protein of unknown function DUF1058  42.01 
 
 		 174 aa  137  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0510  hypothetical protein  41.88 
 
 		 192 aa  137  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.833855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0218  hypothetical protein  39.53 
 
 		 174 aa  135  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.236167  normal  0.0484329 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2687  hypothetical protein  39.46 
 
 		 187 aa  132  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0072  hypothetical protein  43.48 
 
 		 137 aa  130  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237291  normal  0.464662 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0379  protein of unknown function DUF1058  42.86 
 
 		 187 aa  128  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403111  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0492  protein of unknown function DUF1058  44.87 
 
 		 197 aa  127  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.216806 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2231  hypothetical protein  41.72 
 
 		 194 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.115294 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3789  hypothetical protein  40.22 
 
 		 186 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5957  protein of unknown function DUF1058  33.7 
 
 		 184 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0475342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0455  protein of unknown function DUF1058  44.23 
 
 		 197 aa  125  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0479  hypothetical protein  38.42 
 
 		 200 aa  124  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0422  hypothetical protein  44.23 
 
 		 197 aa  125  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.26681 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3061  hypothetical protein  38.07 
 
 		 188 aa  119  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2312  hypothetical protein  35.17 
 
 		 191 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.418457  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0986  hypothetical protein  35.17 
 
 		 203 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1942  hypothetical protein  38.03 
 
 		 200 aa  111  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398084  decreased coverage  0.00719314 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2188  hypothetical protein  33.1 
 
 		 197 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0914  hypothetical protein  35.06 
 
 		 190 aa  108  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4584  hypothetical protein  37.13 
 
 		 160 aa  106  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2971  hypothetical protein  36.55 
 
 		 204 aa  101  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5059  hypothetical protein  35.25 
 
 		 182 aa  97.4  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.549476 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0779  hypothetical protein  38.33 
 
 		 113 aa  96.3  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2170  hypothetical protein  29.61 
 
 		 177 aa  94.4  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.82966  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2307  hypothetical protein  29.1 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2000  protein of unknown function DUF1058  29.06 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1176  hypothetical protein  28.03 
 
 		 163 aa  79.7  0.00000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0346  hypothetical protein  30.23 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00234847  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3295  hypothetical protein  30.53 
 
 		 158 aa  61.6  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3400  protein of unknown function DUF1058  26.95 
 
 		 153 aa  60.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1540  protein of unknown function DUF1058  34.65 
 
 		 165 aa  55.5  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2403  hypothetical protein  31.13 
 
 		 156 aa  53.5  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.482031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0258  hypothetical protein  26.92 
 
 		 157 aa  48.9  0.00004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2184  hypothetical protein  27.78 
 
 		 141 aa  48.5  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.483241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1934  SH3 type 3 domain protein  25.95 
 
 		 158 aa  48.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.890926  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1788  SH3 type 3 domain-containing protein  25.95 
 
 		 158 aa  48.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.292681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4127  NLP/P60 protein  41.54 
 
 		 532 aa  47  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4384  NLP/P60 protein  23.65 
 
 		 556 aa  46.2  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000240419  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1215  NLP/P60 protein  41.54 
 
 		 532 aa  45.4  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.35545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3648  NLP/P60 protein  25 
 
 		 391 aa  45.4  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2693  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.68 
 
 		 616 aa  45.1  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17431  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0605  PgdS peptidase. cysteine peptidase. MEROPS family C40  34.43 
 
 		 370 aa  44.3  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000243263  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2017  NLP/P60 protein  26.57 
 
 		 536 aa  43.1  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.474847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1125  hypothetical protein  24.63 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2044  hypothetical protein  31.33 
 
 		 236 aa  43.1  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.74668  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1814  polysaccharide biosynthesis protein  29.01 
 
 		 468 aa  43.5  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0499  hypothetical protein  41.3 
 
 		 242 aa  42.7  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2347  hypothetical protein  28.87 
 
 		 222 aa  41.2  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443383 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3187  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.75 
 
 		 474 aa  41.2  0.009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0462523  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0285  hypothetical protein  24.32 
 
 		 446 aa  40.8  0.01  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0121761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>