57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0218 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0218  hypothetical protein  100 
 
 		 174 aa  354  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.236167  normal  0.0484329 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0615  hypothetical protein  90.8 
 
 		 174 aa  326  8e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.190546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0427  protein of unknown function DUF1058  82.18 
 
 		 174 aa  298  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0044  hypothetical protein  74.43 
 
 		 185 aa  273  7e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0353  hypothetical protein  75.86 
 
 		 175 aa  268  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0036  hypothetical protein  71.02 
 
 		 176 aa  260  6.999999999999999e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.239823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0072  hypothetical protein  78.83 
 
 		 137 aa  241  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237291  normal  0.464662 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0510  hypothetical protein  62.94 
 
 		 192 aa  197  9e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.833855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4125  hypothetical protein  54.94 
 
 		 183 aa  189  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.111694  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2486  protein of unknown function DUF1058  61.54 
 
 		 177 aa  187  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.11896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2231  hypothetical protein  58 
 
 		 194 aa  176  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.115294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0379  protein of unknown function DUF1058  56.08 
 
 		 187 aa  168  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403111  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2687  hypothetical protein  49.18 
 
 		 187 aa  165  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2088  hypothetical protein  48.1 
 
 		 245 aa  158  4e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2176  hypothetical protein  48.1 
 
 		 181 aa  157  7e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0455  protein of unknown function DUF1058  51.66 
 
 		 197 aa  155  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0422  hypothetical protein  51.66 
 
 		 197 aa  155  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.26681 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0492  protein of unknown function DUF1058  50.99 
 
 		 197 aa  154  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.216806 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0735  hypothetical protein  47.95 
 
 		 190 aa  153  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0315  hypothetical protein  43.79 
 
 		 179 aa  148  5e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3942  hypothetical protein  41.67 
 
 		 185 aa  146  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4408  protein of unknown function DUF1058  43.6 
 
 		 179 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3642  hypothetical protein  44.9 
 
 		 199 aa  144  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000544722 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4088  protein of unknown function DUF1058  43.87 
 
 		 179 aa  143  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1266  hypothetical protein  39.05 
 
 		 185 aa  141  5e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3379  hypothetical protein  42.35 
 
 		 183 aa  140  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2312  hypothetical protein  47.52 
 
 		 191 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.418457  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0986  hypothetical protein  48.55 
 
 		 203 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3061  hypothetical protein  44.91 
 
 		 188 aa  137  7e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2188  hypothetical protein  48.51 
 
 		 197 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1942  hypothetical protein  46.43 
 
 		 200 aa  131  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398084  decreased coverage  0.00719314 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0479  hypothetical protein  39.55 
 
 		 200 aa  131  3.9999999999999996e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5957  protein of unknown function DUF1058  41.57 
 
 		 184 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0475342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0914  hypothetical protein  37.33 
 
 		 190 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2971  hypothetical protein  41.04 
 
 		 204 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3789  hypothetical protein  38.89 
 
 		 186 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1100  hypothetical protein  37.43 
 
 		 239 aa  112  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00740954  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5059  hypothetical protein  36.81 
 
 		 182 aa  108  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.549476 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2170  hypothetical protein  36.55 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.82966  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4584  hypothetical protein  35.77 
 
 		 160 aa  95.9  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0779  hypothetical protein  43.97 
 
 		 113 aa  95.5  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1176  hypothetical protein  32.03 
 
 		 163 aa  89.7  2e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2000  protein of unknown function DUF1058  46.24 
 
 		 367 aa  87  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2307  hypothetical protein  31.78 
 
 		 173 aa  86.3  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0346  hypothetical protein  27.2 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00234847  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1540  protein of unknown function DUF1058  31.72 
 
 		 165 aa  56.6  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1125  hypothetical protein  29.69 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3400  protein of unknown function DUF1058  26.09 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1788  SH3 type 3 domain-containing protein  28.57 
 
 		 158 aa  51.2  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.292681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1934  SH3 type 3 domain protein  28.57 
 
 		 158 aa  51.2  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.890926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3295  hypothetical protein  28.35 
 
 		 158 aa  50.8  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0614  hypothetical protein  31.07 
 
 		 149 aa  48.9  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2184  hypothetical protein  30 
 
 		 141 aa  48.1  0.00006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.483241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2403  hypothetical protein  29.13 
 
 		 156 aa  47.4  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.482031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0433  NLP/P60 protein  33.02 
 
 		 245 aa  42  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.895953  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2151  NLP/P60 protein  24.24 
 
 		 424 aa  40.8  0.01  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000325506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3626  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.5 
 
 		 476 aa  40.8  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000133632  normal  0.124331 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>