199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_1277 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_1277  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
300 aa  592  1e-168  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2062  cytochrome c biogenesis protein  44.9 
 
 
325 aa  276  3e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3381  hypothetical protein  45.63 
 
 
346 aa  276  4e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000312549  hitchhiker  0.00468536 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4081  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.38 
 
 
246 aa  82.8  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4120  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.38 
 
 
246 aa  82.4  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04380  cytochrome c biogenesis protein  30.48 
 
 
396 aa  80.9  0.00000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181653 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0628  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.95 
 
 
243 aa  72.4  0.000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.517911  decreased coverage  0.00174403 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4996  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.54 
 
 
253 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1175  hypothetical protein  27.87 
 
 
471 aa  70.1  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15781  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  31.07 
 
 
210 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0899823  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0551  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.69 
 
 
223 aa  68.2  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000556643  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1106  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  24.37 
 
 
366 aa  65.9  0.0000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3686  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.78 
 
 
244 aa  65.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1186  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.21 
 
 
227 aa  65.9  0.0000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4337  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.85 
 
 
244 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0744461  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2214  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.93 
 
 
244 aa  64.3  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3823  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.55 
 
 
246 aa  63.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.367359  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0151  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.49 
 
 
228 aa  61.6  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0434  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.64 
 
 
228 aa  61.6  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2616  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.57 
 
 
244 aa  61.2  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1525  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29 
 
 
241 aa  60.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0473  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  28.8 
 
 
234 aa  59.7  0.00000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1434  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.25 
 
 
218 aa  59.3  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.422779  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  25.89 
 
 
403 aa  59.3  0.00000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2966  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.25 
 
 
247 aa  59.3  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.017508  normal  0.369863 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1774  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.65 
 
 
244 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.245304  normal  0.604488 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16491  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  28.16 
 
 
218 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16381  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  23.79 
 
 
218 aa  57.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2809  cytochrome c biogenesis protein  26.54 
 
 
244 aa  57.4  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.427201 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3605  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.94 
 
 
225 aa  57.4  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.467855 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.38 
 
 
228 aa  56.6  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2813  putative transmembrane cytochrome C biogenesis protein  27.98 
 
 
244 aa  56.6  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1899  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.21 
 
 
215 aa  56.2  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000193089  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  25 
 
 
403 aa  56.2  0.0000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2546  membrane protein  27.23 
 
 
230 aa  55.8  0.0000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1270  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.78 
 
 
240 aa  55.8  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.243942  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3250  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.78 
 
 
240 aa  55.8  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0077031  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3675  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.11 
 
 
249 aa  55.8  0.0000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2958  thiol:disulfide interchange protein, putative  25.98 
 
 
228 aa  55.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3135  cytochrome c-type biogenesis protein  26.19 
 
 
273 aa  55.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0405537  normal  0.432106 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1384  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.12 
 
 
249 aa  55.5  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0107253  normal  0.0935578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1617  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.85 
 
 
244 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.217228  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2162  cytochrome c-type biogenesis protein  29.02 
 
 
248 aa  55.5  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20604  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2382  Protein-disulfide reductase  28.57 
 
 
581 aa  54.7  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  7.870920000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  26.76 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.493199  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1457  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.51 
 
 
250 aa  54.3  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00340788  normal  0.584916 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.58 
 
 
810 aa  54.7  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1830  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.28 
 
 
227 aa  54.3  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00101258  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1643  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.84 
 
 
249 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0649003  normal  0.267262 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4999  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.52 
 
 
244 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0130  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.86 
 
 
228 aa  54.3  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000128637  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0323  cytochrome c biogenesis protein-like  26.76 
 
 
252 aa  53.9  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1262  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.4 
 
 
235 aa  53.9  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.57281  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16611  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  27.54 
 
 
218 aa  53.5  0.000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.213566  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1552  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  26.51 
 
 
218 aa  53.1  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4665  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.32 
 
 
565 aa  53.1  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.836853  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4691  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.32 
 
 
565 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4377  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.32 
 
 
565 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111987  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  28.57 
 
 
603 aa  53.1  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2005  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.78 
 
 
243 aa  52.8  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0109812  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3668  putative transmembrane cytochrome C biogenesis protein, putative SoxV protein  28.57 
 
 
244 aa  52.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.389509  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.7 
 
 
611 aa  52.4  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04006  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.32 
 
 
565 aa  52  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4605  thiol:disulfide interchange protein precursor  22.7 
 
 
565 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0011627  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.7 
 
 
609 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1434  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.33 
 
 
249 aa  52  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03968  hypothetical protein  24.32 
 
 
565 aa  52  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  25 
 
 
703 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2274  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.52 
 
 
600 aa  52  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.15 
 
 
595 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2278  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.55 
 
 
234 aa  51.2  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.800011 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0736  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.48 
 
 
222 aa  51.6  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.592681  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3411  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.97 
 
 
238 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.15 
 
 
595 aa  51.6  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0028  protein-disulfide reductase  25.59 
 
 
623 aa  51.2  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4210  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.96 
 
 
245 aa  51.2  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2861  membrane protein  28.05 
 
 
230 aa  51.2  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.563665  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.85 
 
 
628 aa  51.6  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1879  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.5 
 
 
228 aa  50.8  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.15 
 
 
595 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3291  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.08 
 
 
251 aa  51.2  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.402635  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0502  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.11 
 
 
253 aa  51.2  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5652  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.24 
 
 
565 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000390549  normal  0.76636 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3473  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.97 
 
 
238 aa  50.4  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.320099 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0584  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  27.36 
 
 
253 aa  50.4  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3410  thiol:disulfide interchange protein precursor  22.83 
 
 
570 aa  50.4  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.47 
 
 
583 aa  50.8  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.81 
 
 
619 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0180  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane  27.41 
 
 
240 aa  50.8  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00413997  normal  0.473605 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3535  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.3 
 
 
229 aa  50.4  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18581  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  25.35 
 
 
246 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.236803  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3856  Protein-disulfide reductase  24.32 
 
 
565 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0989  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  24.88 
 
 
246 aa  50.1  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.23416  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04460  methionine-R-sulfoxide reductase/methionine-S-sulfoxide reductase  29.72 
 
 
735 aa  50.4  0.00004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.361205  normal  0.714911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.29 
 
 
613 aa  50.4  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00156  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.81 
 
 
592 aa  50.4  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.7 
 
 
602 aa  50.1  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.5 
 
 
789 aa  50.4  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  22.7 
 
 
565 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1840  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.44 
 
 
249 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.508547 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>