267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_R0054 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  93.15 
 
 		 72 bp  97.6  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  90.79 
 
 		 399 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  93.22 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  96 
 
 		 70 bp  83.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  97.78 
 
 		 68 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  97.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2737  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000828053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4223  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000199522  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0016  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137967  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0017  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103702  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0015  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129516  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4225  tRNA-Val  93.75 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236439  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4224  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021788  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2738  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000778313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna41  tRNA-Val  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0014  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.328994 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00041  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000120834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0034  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000138641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0057  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0070  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000583072  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0584  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.67929e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0039  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000567069  hitchhiker  0.00359795 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0038  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000627564  hitchhiker  0.00122334 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0044  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4656  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.90971e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2967  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.52961e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4681  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.95676e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4658  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.127679999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5051  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000673895  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0665  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000217876  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2966  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2837  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.88964e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0767  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000989037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0072  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560906  normal  0.267671 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0769  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000076951  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>