42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1898 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  100 
 
 		 373 aa  766    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 373 aa  766    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  44.01 
 
 		 395 aa  292  5e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  33.79 
 
 		 418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  33.79 
 
 		 418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  24.81 
 
 		 502 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  25.18 
 
 		 498 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  24.41 
 
 		 534 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  25.18 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0251  Carbohydrate-selective porin OprB  27.41 
 
 		 385 aa  72.8  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  24.93 
 
 		 534 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  25.18 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  25.18 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  25.18 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  25.18 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  25.18 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  25.18 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  23.75 
 
 		 509 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  24.84 
 
 		 481 aa  70.5  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  23.28 
 
 		 522 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  25.39 
 
 		 514 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  25.84 
 
 		 492 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  25.07 
 
 		 446 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  25.48 
 
 		 494 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  22.75 
 
 		 490 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  25.84 
 
 		 514 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  22.49 
 
 		 490 aa  62  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  25.84 
 
 		 514 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  24.43 
 
 		 483 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  27.61 
 
 		 395 aa  60.8  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  24.2 
 
 		 444 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  28.14 
 
 		 493 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  24.7 
 
 		 391 aa  59.3  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  23.3 
 
 		 449 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  26.95 
 
 		 495 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  23.7 
 
 		 396 aa  57  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  23.34 
 
 		 474 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  21.92 
 
 		 507 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  22.11 
 
 		 481 aa  53.5  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  22.73 
 
 		 480 aa  51.6  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  23.56 
 
 		 488 aa  47  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  22.57 
 
 		 480 aa  42.7  0.009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>