More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2889 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  100 
 
 		 248 aa  501  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  93.95 
 
 		 249 aa  473  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  71.78 
 
 		 242 aa  346  2e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  68.85 
 
 		 245 aa  340  2e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  66.8 
 
 		 250 aa  337  7e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  64.88 
 
 		 251 aa  323  2e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  61.07 
 
 		 246 aa  298  8e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  43.27 
 
 		 248 aa  229  2e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  40.74 
 
 		 289 aa  219  3e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  40.74 
 
 		 289 aa  219  3.9999999999999997e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1909  RNA methyltransferase  46.09 
 
 		 256 aa  217  1e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000520024  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2172  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.92 
 
 		 237 aa  217  2e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0146478  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3629  RNA methyltransferase  46.86 
 
 		 252 aa  213  2.9999999999999995e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0470316  normal  0.108479 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.53 
 
 		 250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1073  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.53 
 
 		 250 aa  211  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.49 
 
 		 246 aa  211  7.999999999999999e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.16 
 
 		 248 aa  209  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  49.59 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4689  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.12 
 
 		 247 aa  209  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196854  normal  0.78403 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.64 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  41.39 
 
 		 247 aa  208  5e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1067  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.71 
 
 		 247 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1469  RNA methyltransferase  45.71 
 
 		 247 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1448  RNA methyltransferase  45.71 
 
 		 247 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1547  RNA methyltransferase  45.71 
 
 		 247 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.844862  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1523  RNA methyltransferase  45.71 
 
 		 247 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.289763 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1685  RNA methyltransferase  45.71 
 
 		 247 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1229  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  44.08 
 
 		 249 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00902362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1708  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.8 
 
 		 247 aa  205  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.746509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.98 
 
 		 327 aa  204  7e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  43.7 
 
 		 277 aa  204  8e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.39 
 
 		 387 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1696  RNA methyltransferase  44.8 
 
 		 247 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0146  RNA methyltransferase  44.08 
 
 		 247 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277376  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1262  RNA methyltransferase  44.08 
 
 		 247 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1799  RNA methyltransferase  44.08 
 
 		 247 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.335408  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1746  RNA methyltransferase  44.08 
 
 		 247 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248108  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2518  RNA methyltransferase  44.49 
 
 		 247 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00110794  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1020  RNA methyltransferase  44.08 
 
 		 247 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0199854  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.54 
 
 		 256 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1817  RNA methyltransferase  44.08 
 
 		 247 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135393  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1971  RNA methyltransferase  44.08 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.27 
 
 		 310 aa  203  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2539  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.4 
 
 		 247 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0797344  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.13 
 
 		 256 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  40.91 
 
 		 323 aa  202  4e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00990  RNA methyltransferase  41.67 
 
 		 244 aa  202  5e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314375  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  44.44 
 
 		 314 aa  202  5e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  43.95 
 
 		 250 aa  201  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.23 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0991  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase, putative  44.67 
 
 		 255 aa  199  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1105  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.67 
 
 		 255 aa  199  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.919918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.15 
 
 		 256 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.84 
 
 		 247 aa  198  6e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  43.09 
 
 		 248 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  43.5 
 
 		 248 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  43.09 
 
 		 248 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  41.67 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3589  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.46 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124331  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2065  rRNA methylase  42.86 
 
 		 242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.82 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.96 
 
 		 247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  40.96 
 
 		 247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  40.96 
 
 		 247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  40.96 
 
 		 247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  40.96 
 
 		 247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0107  hypothetical protein  42.8 
 
 		 249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.91 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.96 
 
 		 247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  40.96 
 
 		 247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3377  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.67 
 
 		 251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.96 
 
 		 247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  41.37 
 
 		 247 aa  196  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3288  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  40.82 
 
 		 246 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.679975  hitchhiker  0.00104761 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2071  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.28 
 
 		 256 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.56 
 
 		 247 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  40.08 
 
 		 251 aa  194  7e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  42.39 
 
 		 249 aa  195  7e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  43.15 
 
 		 314 aa  194  7e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.29 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.58 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0533  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.15 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2268  RNA methyltransferase  43.32 
 
 		 248 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.144304  normal  0.908224 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2091  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.254713  normal  0.346719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3354  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.13 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0824924  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0122  tRNA/rRNA methyltransferase  40.08 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.32 
 
 		 248 aa  194  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  42.68 
 
 		 248 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1055  tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib  41.3 
 
 		 248 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.932424 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.67 
 
 		 250 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3414  RNA methyltransferase  43.32 
 
 		 248 aa  192  5e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.377337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  41.83 
 
 		 248 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1817  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  43.44 
 
 		 247 aa  192  6e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.392601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0753  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  39.59 
 
 		 246 aa  191  7e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205206  hitchhiker  0.000134961 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.93 
 
 		 246 aa  191  7e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0152  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  42.56 
 
 		 245 aa  191  7e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.32 
 
 		 247 aa  191  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4032  RNA methyltransferase  42.51 
 
 		 263 aa  191  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104893  normal  0.17996 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  40.16 
 
 		 247 aa  191  8e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  41.8 
 
 		 246 aa  191  8e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>