49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2617 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2617  nucleic acid binding protein  100 
 
 		 134 aa  275  2e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.243477 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3973  high-affinity nickel permease-like protein  86.05 
 
 		 189 aa  147  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0271178  normal  0.235405 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0827  PilT protein domain protein  54.62 
 
 		 133 aa  146  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00471695 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4425  PilT domain-containing protein  54.2 
 
 		 134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042868 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0926  hypothetical protein  38.28 
 
 		 207 aa  88.6  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.437058  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0012  PilT protein domain-containing protein  29.63 
 
 		 133 aa  63.5  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.948131 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2412  PilT domain-containing protein  34.88 
 
 		 140 aa  57  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.697673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4538  PilT protein domain protein  36.36 
 
 		 140 aa  52.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.104439 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0688  PilT domain-containing protein  28.57 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.442109  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0505  putative plasmid stability protein  40 
 
 		 145 aa  50.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1812  PilT domain-containing protein  29.23 
 
 		 132 aa  50.4  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.034692  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2777  PilT protein domain protein  28.23 
 
 		 134 aa  47.8  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4581  PilT protein-like  37.37 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.766949  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5262  PilT protein domain protein  34.74 
 
 		 142 aa  47.4  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0679342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0713  PilT domain-containing protein  34.41 
 
 		 141 aa  47  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000185206  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1540  PilT protein domain protein  38.54 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3697  PilT protein domain protein  34.11 
 
 		 138 aa  45.4  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2951  PilT domain-containing protein  28.69 
 
 		 136 aa  46.2  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1067  PilT protein domain protein  28.79 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1325  nucleic acid binding protein  28.57 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.000000000000354508  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1362  plasmid stability protein, putative  44.64 
 
 		 142 aa  45.1  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00298137  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0013  PilT protein-like  30.94 
 
 		 140 aa  44.3  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0305  PilT protein domain protein  29.41 
 
 		 128 aa  44.3  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0032427  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3714  PilT protein domain protein  33.33 
 
 		 139 aa  43.9  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.440396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4028  PilT protein domain protein  41.27 
 
 		 141 aa  43.9  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0630  PilT protein domain protein  30.95 
 
 		 137 aa  43.5  0.0009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.317071 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0871  putative plasmid stability-like protein  36.96 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852163  normal  0.0312935 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1337  PilT protein domain protein  26.09 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.1325  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1048  PilT protein domain protein  37.5 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.71366  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2339  PilT protein domain protein  30.11 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0898  PilT protein domain protein  29.81 
 
 		 131 aa  42  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.185586  normal  0.0272728 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2936  PilT domain-containing protein  30.48 
 
 		 130 aa  41.6  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.203821 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1183  PilT protein domain protein  31.33 
 
 		 119 aa  42  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3773  hypothetical protein  29.17 
 
 		 137 aa  42  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3846  hypothetical protein  30.34 
 
 		 139 aa  41.6  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.828285 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0156  PilT protein domain protein  31.06 
 
 		 134 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2733  PilT protein-like  32.82 
 
 		 145 aa  41.6  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.489446  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5572  PilT domain-containing protein  50 
 
 		 126 aa  41.2  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0396621  normal  0.199506 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1904  PilT protein domain protein  36.92 
 
 		 129 aa  41.2  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.101114 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23550  predicted nucleic acid-binding protein, contains PIN domain protein  32.81 
 
 		 142 aa  40.8  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.46968  normal  0.640927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2934  PilT protein-like  34.38 
 
 		 144 aa  40.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.119744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8106  PilT protein domain protein  27.94 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1823  PilT domain-containing protein  33.7 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.402154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4284  prevent-host-death protein  33.68 
 
 		 145 aa  40.4  0.008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.600657  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0442  nitrogen regulatory protein NtrR  28.24 
 
 		 134 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.315733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3585  PilT protein domain protein  28.95 
 
 		 129 aa  40.4  0.009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2472  virulence associated protein C  26.44 
 
 		 133 aa  40.4  0.009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00148493  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1063  PilT protein domain protein  29.59 
 
 		 139 aa  40.4  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.471234  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0602  PilT protein domain protein  27.84 
 
 		 135 aa  40  0.01  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.191075  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>