More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2669 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  100 
 
 
156 aa  325  1e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  79.87 
 
 
156 aa  264  4e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  69.68 
 
 
156 aa  227  4e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  75.33 
 
 
154 aa  223  6e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  63.4 
 
 
153 aa  207  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  61.04 
 
 
156 aa  200  7e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  64.75 
 
 
151 aa  195  2e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  61.33 
 
 
157 aa  195  2e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  61.49 
 
 
151 aa  192  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  62.59 
 
 
162 aa  192  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  62.59 
 
 
154 aa  192  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  62.59 
 
 
154 aa  192  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  58.82 
 
 
155 aa  189  9e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  59.09 
 
 
158 aa  189  9e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  61.49 
 
 
151 aa  189  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.657296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  58.82 
 
 
155 aa  189  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  58.82 
 
 
155 aa  189  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  58.82 
 
 
155 aa  189  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  58.82 
 
 
155 aa  189  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  58.82 
 
 
155 aa  189  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  58.82 
 
 
155 aa  189  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  58.82 
 
 
155 aa  189  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  58.82 
 
 
155 aa  189  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  58.17 
 
 
155 aa  189  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  56.86 
 
 
156 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  3.9246e-06  decreased coverage  2.34426e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  56.86 
 
 
156 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.90768e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  56.86 
 
 
156 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.35342e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  56.86 
 
 
156 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.21835e-05  decreased coverage  9.99459e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  57.52 
 
 
155 aa  187  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  57.52 
 
 
155 aa  187  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  57.52 
 
 
155 aa  187  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  57.52 
 
 
155 aa  187  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  57.52 
 
 
155 aa  187  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  56.86 
 
 
154 aa  186  8e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  62.32 
 
 
154 aa  186  8e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  64.44 
 
 
161 aa  185  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  58.94 
 
 
150 aa  185  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  59.46 
 
 
153 aa  185  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  58.06 
 
 
173 aa  185  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  1.49307e-05  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  59.21 
 
 
154 aa  186  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  56.21 
 
 
158 aa  184  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.04244e-08  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  58.55 
 
 
154 aa  184  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  56.58 
 
 
155 aa  184  6e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  54.61 
 
 
157 aa  183  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  57.89 
 
 
154 aa  183  8e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  59.46 
 
 
154 aa  182  1e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  56.95 
 
 
154 aa  182  1e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  56.95 
 
 
154 aa  182  1e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  56.95 
 
 
154 aa  182  1e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  56.67 
 
 
159 aa  182  1e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  4.08734e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02469  ribonuclease H  58.33 
 
 
150 aa  182  1e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.79431  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  58.55 
 
 
154 aa  182  1e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  54.9 
 
 
158 aa  182  1e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  62.04 
 
 
155 aa  182  2e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  54.9 
 
 
158 aa  181  5e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  53.25 
 
 
161 aa  181  5e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.74708e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  54.9 
 
 
158 aa  180  6e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.63424e-06  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  61.15 
 
 
154 aa  180  6e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  54.61 
 
 
156 aa  180  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  6.16595e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  54.9 
 
 
158 aa  180  7e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.74591e-07  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  60.14 
 
 
154 aa  180  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  55.56 
 
 
154 aa  179  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  61.48 
 
 
153 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  57.89 
 
 
157 aa  179  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  60.99 
 
 
150 aa  179  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  60.87 
 
 
151 aa  179  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  55.26 
 
 
185 aa  178  3e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.80033e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  58.04 
 
 
145 aa  178  3e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.68272e-07  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  59.85 
 
 
151 aa  177  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  52.9 
 
 
159 aa  176  9e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  53.59 
 
 
156 aa  176  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  59.85 
 
 
148 aa  176  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  52.26 
 
 
156 aa  174  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  6.6103e-08  hitchhiker  1.32763e-06 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  59.12 
 
 
148 aa  174  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  54.19 
 
 
161 aa  174  5e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.69175e-08 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  58.04 
 
 
145 aa  174  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  56.58 
 
 
156 aa  173  7e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  59.56 
 
 
148 aa  173  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1362  ribonuclease H  57.64 
 
 
150 aa  173  9e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  58.52 
 
 
153 aa  172  1e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  59.56 
 
 
150 aa  172  1e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  56.12 
 
 
148 aa  172  2e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  60.45 
 
 
160 aa  171  3e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  59.12 
 
 
146 aa  171  3e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1297  ribonuclease H  56.94 
 
 
150 aa  171  4e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  56.12 
 
 
148 aa  171  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  52.26 
 
 
170 aa  171  5e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  56.12 
 
 
148 aa  171  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  56.12 
 
 
148 aa  171  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  52.9 
 
 
158 aa  171  5e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  1.28694e-14 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  56.12 
 
 
148 aa  171  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  56.12 
 
 
148 aa  171  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  56.12 
 
 
148 aa  171  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  61.19 
 
 
149 aa  170  7e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0474  RNase H  51.32 
 
 
153 aa  170  7e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.357306  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  58.27 
 
 
153 aa  170  8e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  54.48 
 
 
147 aa  170  8e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  56.93 
 
 
155 aa  169  1e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  58.39 
 
 
145 aa  168  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  53.79 
 
 
148 aa  168  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>