46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0190 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0190  preprotein translocase subunit SecE  100 
 
 
63 aa  127  5e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  1.26022e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2685  preprotein translocase subunit SecE  80.95 
 
 
63 aa  110  9e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  1.76795e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1968  preprotein translocase subunit SecE  80.95 
 
 
63 aa  108  2e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.51744  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0227  preprotein translocase subunit SecE  80.95 
 
 
63 aa  108  2e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0635972  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0351  preprotein translocase subunit SecE  80.95 
 
 
63 aa  106  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  9.2456e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0313  preprotein translocase subunit SecE  73.02 
 
 
63 aa  97.8  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  1.23291e-05  decreased coverage  9.97668e-05 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0282  preprotein translocase subunit SecE  68.25 
 
 
63 aa  92  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  4.41013e-07  hitchhiker  0.00342924 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0120  preprotein translocase, SecE subunit  41.82 
 
 
72 aa  51.2  5e-06  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.568104  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1102  preprotein translocase, SecE subunit  41.82 
 
 
62 aa  50.8  6e-06  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000145064  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0267  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  39.62 
 
 
58 aa  47  8e-05  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0300363  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1543  preprotein translocase, SecE subunit  44.68 
 
 
115 aa  47  9e-05  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.273014  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1533  preprotein translocase, SecE subunit  34.48 
 
 
89 aa  45.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  2.34675e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3324  preprotein translocase, SecE subunit  46.51 
 
 
84 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00139323  normal  0.104735 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4322  preprotein translocase, SecE subunit  38.78 
 
 
84 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.101724  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0640  preprotein translocase, SecE subunit  35.09 
 
 
62 aa  43.5  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  2.26614e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0468  preprotein translocase, SecE subunit  28.07 
 
 
65 aa  43.5  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  6.05579e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0483  preprotein translocase, SecE subunit  28.07 
 
 
65 aa  43.5  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  4.07474e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  39.62 
 
 
63 aa  43.5  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0183  preprotein translocase subunit SecE  40.82 
 
 
123 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.57083e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4330  preprotein translocase subunit SecE  42.22 
 
 
123 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  3.13064e-08  hitchhiker  1.88244e-09 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  35.19 
 
 
63 aa  42.7  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0187  preprotein translocase subunit SecE  40.82 
 
 
123 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  8.23053e-06  hitchhiker  0.000548476 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0908  preprotein translocase subunit SecE  36.67 
 
 
89 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.147165  normal  0.167363 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4069  preprotein translocase subunit SecE  40.82 
 
 
123 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.32284e-08  hitchhiker  0.00908786 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4469  preprotein translocase subunit SecE  40.82 
 
 
123 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0218  preprotein translocase subunit SecE  40.82 
 
 
123 aa  42  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0186  preprotein translocase subunit SecE  40.82 
 
 
123 aa  42  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.12124e-06  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0849  preprotein translocase, SecE subunit  33.9 
 
 
63 aa  42  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  2.35049e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0186  preprotein translocase subunit SecE  40.82 
 
 
123 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  8.26672e-10  hitchhiker  0.00751304 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0181  preprotein translocase subunit SecE  40.82 
 
 
123 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.71e-07  normal  0.0106381 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3772  preprotein translocase subunit SecE  36.84 
 
 
123 aa  42  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.52492e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1825  preprotein translocase, SecE subunit  38.64 
 
 
76 aa  41.6  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0238  preprotein translocase, SecE subunit  37.74 
 
 
67 aa  41.6  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.464409  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4703  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 
123 aa  41.6  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  3.7355e-07  hitchhiker  4.44162e-06 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2701  preprotein translocase subunit SecE  34.62 
 
 
65 aa  41.6  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0258  preprotein translocase, SecE subunit  31.48 
 
 
66 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1462  preprotein translocase subunit SecE  32.14 
 
 
59 aa  41.2  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000123157  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0522  preprotein translocase subunit SecE  32.14 
 
 
59 aa  41.2  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.140094  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0502  preprotein translocase subunit SecE  32.14 
 
 
59 aa  41.2  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  1.75408e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0684  preprotein translocase, SecE subunit  34.78 
 
 
60 aa  41.2  0.005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  4.14413e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2955  preprotein translocase, SecE subunit  33.33 
 
 
59 aa  40.8  0.006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  5.8438e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4682  SecE subunit of protein translocation complex  31.75 
 
 
86 aa  40.8  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  3.91505e-05  hitchhiker  0.00819357 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3457  preprotein translocase subunit SecE  35.71 
 
 
127 aa  40.8  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.164313  normal  0.4312 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0853  preprotein translocase, SecE subunit  37.21 
 
 
51 aa  40.4  0.007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  2.44118e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2718  preprotein translocase, SecE subunit  31.91 
 
 
80 aa  40.4  0.009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00287397  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3873  preprotein translocase subunit SecE  42.86 
 
 
127 aa  40.4  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>