132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0003 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0003  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 
95 aa  194  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164369  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4335  Excinuclease ABC C subunit domain protein  77.89 
 
 
95 aa  160  7e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0231895  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1409  excinuclease ABC subunit C  69.47 
 
 
95 aa  149  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3151  excinuclease ABC subunit C  62.37 
 
 
96 aa  131  4e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0891506  normal  0.0226516 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1266  excinuclease ABC subunit C  59.78 
 
 
109 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0720825  normal  0.107878 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2170  excinuclease ABC subunit C  63.33 
 
 
98 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.013295  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1053  excinuclease ABC, C subunit  55.91 
 
 
110 aa  117  4e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.175656  normal  0.959304 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0916  excinuclease ABC subunit C  59.34 
 
 
95 aa  112  2e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1899  GIY-YIG catalytic domain-containing protein  51.09 
 
 
96 aa  109  2e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0294  hypothetical cytosolic protein  51.09 
 
 
96 aa  109  2e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.479939  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3180  excinuclease ABC subunit C  54.84 
 
 
95 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.734981  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0706  excinuclease ABC subunit C  50.53 
 
 
101 aa  107  7e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.200173  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3175  excinuclease ABC subunit C  54.84 
 
 
95 aa  106  9e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00936772  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1144  hypothetical protein  55.29 
 
 
97 aa  106  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0285  excinuclease ABC subunit C  58.62 
 
 
95 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.722146  normal  0.992997 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0733  excinuclease ABC subunit C  55.06 
 
 
104 aa  105  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.579236  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2181  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
113 aa  104  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00892068  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0771  excinuclease ABC subunit C  53.93 
 
 
95 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.959878 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1328  excinuclease ABC subunit C  52.81 
 
 
95 aa  102  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2807  excinuclease ABC subunit C  52.75 
 
 
118 aa  102  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171123  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0814  excinuclease ABC subunit C  54.12 
 
 
111 aa  102  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.683613  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4225  Excinuclease ABC C subunit domain protein  53.19 
 
 
95 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073463  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3672  excinuclease ABC subunit C  52.75 
 
 
118 aa  102  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.246174  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0957  excinuclease ABC subunit C  51.65 
 
 
118 aa  101  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00735212  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7339  putative excinuclease ABC, C subunit  56.67 
 
 
101 aa  101  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1362  excinuclease ABC subunit C  51.58 
 
 
107 aa  101  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.679973  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1984  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 
100 aa  102  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.569269  normal  0.376959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3382  excinuclease ABC subunit C  51.58 
 
 
120 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114521  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2889  excinuclease ABC subunit C  52.22 
 
 
95 aa  100  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0492999  normal  0.0570349 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4684  excinuclease ABC subunit C  51.11 
 
 
99 aa  100  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3124  Excinuclease ABC C subunit domain protein  51.69 
 
 
96 aa  99.8  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80236  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2291  excinuclease ABC subunit C  47.78 
 
 
95 aa  99.4  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.361879  normal  0.317834 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4673  excinuclease ABC subunit C  50.55 
 
 
95 aa  99.8  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0203068  normal  0.740164 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2855  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50.56 
 
 
96 aa  99  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675434  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2352  excinuclease ABC subunit C  54.02 
 
 
110 aa  99  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.51382  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0877  excinuclease ABC subunit C  52.81 
 
 
125 aa  99  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2878  excinuclease ABC subunit C  51.11 
 
 
95 aa  98.2  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00418139  hitchhiker  0.000396722 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2055  hypothetical protein  47.87 
 
 
96 aa  97.1  7e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3101  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  50 
 
 
95 aa  97.1  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0883  excinuclease ABC subunit C  50.56 
 
 
114 aa  96.7  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227593  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2524  excinuclease ABC subunit C  44.68 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2430  excinuclease ABC subunit C  54.12 
 
 
102 aa  95.9  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_002978  WD0358  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  47.73 
 
 
96 aa  95.9  2e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0101  excinuclease ABC subunit C  51.69 
 
 
95 aa  95.5  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.873181  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2226  excinuclease ABC subunit C  47.25 
 
 
119 aa  94.7  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.163339  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0893  excinuclease ABC subunit C  47.31 
 
 
99 aa  94.7  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0841998  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1965  excinuclease ABC subunit C  52.81 
 
 
95 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.70444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5085  Excinuclease ABC C subunit domain protein  49.44 
 
 
95 aa  94  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1975  excinuclease ABC subunit C  47.19 
 
 
118 aa  94  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  50.59 
 
 
100 aa  93.6  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0767  excinuclease ABC subunit C  45.16 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.464931  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0827  excinuclease ABC subunit C  48.31 
 
 
121 aa  92  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000437312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4264  excinuclease ABC subunit C  47.31 
 
 
95 aa  89.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.604611  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2057  excinuclease ABC subunit C  48.31 
 
 
113 aa  89  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.405746 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0651  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
115 aa  88.6  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0670127  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4056  excinuclease ABC subunit C  50.59 
 
 
130 aa  87  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.366291  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2896  hypothetical protein  46.67 
 
 
97 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1944  hypothetical protein  46.67 
 
 
97 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0039  hypothetical protein  46.67 
 
 
97 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0717  hypothetical protein  46.67 
 
 
97 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0882  hypothetical protein  46.67 
 
 
97 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1812  hypothetical protein  46.67 
 
 
97 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2051  hypothetical protein  46.67 
 
 
97 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1852  hypothetical protein  46.67 
 
 
97 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05270  hypothetical protein  48.78 
 
 
100 aa  86.7  9e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2317  excinuclease ABC subunit C  44.57 
 
 
98 aa  86.3  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0365776  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0331  hypothetical protein  46.67 
 
 
97 aa  86.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2227  excinuclease ABC subunit C  42.22 
 
 
107 aa  85.9  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  4.08802e-05  hitchhiker  5.27007e-05 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05230  hypothetical protein  44.19 
 
 
100 aa  85.5  2e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.610254  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2602  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.7 
 
 
97 aa  84  7e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  8.20325e-08  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05250  endo/excinuclease amino terminal domain protein  49.45 
 
 
107 aa  82.8  2e-15  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05260  endo/excinuclease amino terminal domain protein  45.78 
 
 
98 aa  80.9  6e-15  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.509703  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1277  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.71 
 
 
96 aa  80.1  8e-15  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.129449  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2997  excinuclease ABC subunit C  42.05 
 
 
95 aa  80.1  1e-14  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.867299  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1655  excinuclease ABC subunit C  50.56 
 
 
98 aa  77  8e-14  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0895  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.22 
 
 
99 aa  76.3  1e-13  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2914  excinuclease ABC subunit C  41.76 
 
 
101 aa  73.2  1e-12  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00677745  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4036  hypothetical protein  43.28 
 
 
79 aa  60.5  7e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.420287  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09001  hypothetical protein  38.89 
 
 
80 aa  60.5  8e-09  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.410175  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  45.68 
 
 
88 aa  56.2  1e-07  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1913  hypothetical protein  35.16 
 
 
116 aa  55.5  2e-07  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.915766  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3906  excinuclease ABC subunit C  44.62 
 
 
141 aa  55.1  3e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647444  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  48.39 
 
 
1210 aa  53.9  8e-07  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  37.36 
 
 
96 aa  52.4  2e-06  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  37.36 
 
 
97 aa  51.6  4e-06  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1944  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.54 
 
 
84 aa  50.4  7e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.752306 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.76 
 
 
91 aa  50.1  1e-05  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00714  hypothetical protein  54.05 
 
 
37 aa  48.5  3e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2245  excinuclease ABC subunit C  39.47 
 
 
108 aa  48.1  4e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1073  Excinuclease ABC C subunit domain protein  34.48 
 
 
90 aa  47.8  5e-05  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0081744 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.33 
 
 
130 aa  47.8  5e-05  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  38.16 
 
 
83 aa  47.8  6e-05  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01100  hypothetical protein  35.09 
 
 
67 aa  47  9e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.26 
 
 
80 aa  46.2  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.66 
 
 
88 aa  46.6  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.81458e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0448  excinuclease ABC subunit C  40.58 
 
 
79 aa  46.6  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.42 
 
 
84 aa  45.4  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  35.44 
 
 
88 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  3.59134e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13970  predicted endonuclease containing a URI domain protein  35.71 
 
 
151 aa  45.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1103  excinuclease ABC subunit C  39.19 
 
 
87 aa  45.4  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>