145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1965 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1965  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 		 95 aa  194  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.70444 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0771  excinuclease ABC subunit C  59.78 
 
 		 95 aa  113  6.9999999999999995e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959878 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3175  excinuclease ABC subunit C  60.23 
 
 		 95 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00936772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3180  excinuclease ABC subunit C  59.09 
 
 		 95 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.734981  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1144  hypothetical protein  53.76 
 
 		 97 aa  104  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1984  Excinuclease ABC C subunit domain protein  52.63 
 
 		 100 aa  104  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.569269  normal  0.376959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2170  excinuclease ABC subunit C  53.68 
 
 		 98 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.013295  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4225  Excinuclease ABC C subunit domain protein  59.77 
 
 		 95 aa  103  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073463  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2352  excinuclease ABC subunit C  58.24 
 
 		 110 aa  102  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.51382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2317  excinuclease ABC subunit C  49.46 
 
 		 98 aa  100  6e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0365776  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3151  excinuclease ABC subunit C  55.06 
 
 		 96 aa  100  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0891506  normal  0.0226516 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1409  excinuclease ABC subunit C  54.35 
 
 		 95 aa  99.8  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0733  excinuclease ABC subunit C  52.81 
 
 		 104 aa  99.4  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.579236  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4335  Excinuclease ABC C subunit domain protein  55.43 
 
 		 95 aa  99.4  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0231895  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0706  excinuclease ABC subunit C  52.17 
 
 		 101 aa  99.8  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.200173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5085  Excinuclease ABC C subunit domain protein  57.3 
 
 		 95 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0814  excinuclease ABC subunit C  50.54 
 
 		 111 aa  98.2  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.683613  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7339  putative excinuclease ABC, C subunit  54.44 
 
 		 101 aa  98.2  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  51.09 
 
 		 100 aa  98.6  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3382  excinuclease ABC subunit C  53.26 
 
 		 120 aa  98.2  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114521  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2524  excinuclease ABC subunit C  52.94 
 
 		 100 aa  97.8  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1362  excinuclease ABC subunit C  52.17 
 
 		 107 aa  98.2  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.679973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0294  hypothetical cytosolic protein  52.63 
 
 		 96 aa  97.8  4e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.479939  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3124  Excinuclease ABC C subunit domain protein  53.93 
 
 		 96 aa  97.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1899  GIY-YIG catalytic domain-containing protein  52.63 
 
 		 96 aa  97.8  4e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2055  hypothetical protein  51.58 
 
 		 96 aa  97.1  8e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3101  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  51.69 
 
 		 95 aa  96.7  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1328  excinuclease ABC subunit C  56.47 
 
 		 95 aa  96.7  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2430  excinuclease ABC subunit C  48.91 
 
 		 102 aa  96.3  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0651  excinuclease ABC subunit C  50.53 
 
 		 115 aa  95.5  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0670127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0003  excinuclease ABC subunit C  52.81 
 
 		 95 aa  94.4  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1266  excinuclease ABC subunit C  50.54 
 
 		 109 aa  94  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0720825  normal  0.107878 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0767  excinuclease ABC subunit C  45.26 
 
 		 102 aa  94  6e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.464931  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05230  hypothetical protein  46.24 
 
 		 100 aa  94  7e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.610254  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0285  excinuclease ABC subunit C  52.69 
 
 		 95 aa  93.6  9e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.722146  normal  0.992997 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2855  Excinuclease ABC C subunit domain protein  51.69 
 
 		 96 aa  92.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0827  excinuclease ABC subunit C  51.69 
 
 		 121 aa  92.4  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000437312 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1053  excinuclease ABC, C subunit  50.59 
 
 		 110 aa  90.9  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.175656  normal  0.959304 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2807  excinuclease ABC subunit C  48.35 
 
 		 118 aa  90.5  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171123  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3672  excinuclease ABC subunit C  48.35 
 
 		 118 aa  90.5  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.246174  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2226  excinuclease ABC subunit C  46.32 
 
 		 119 aa  89.7  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.163339  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4056  excinuclease ABC subunit C  47.83 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.366291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0957  excinuclease ABC subunit C  47.25 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00735212  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0877  excinuclease ABC subunit C  50.57 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2227  excinuclease ABC subunit C  45.26 
 
 		 107 aa  89  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000408802  hitchhiker  0.0000527007 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0101  excinuclease ABC subunit C  51.69 
 
 		 95 aa  87.8  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.873181  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4673  excinuclease ABC subunit C  51.76 
 
 		 95 aa  88.2  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0203068  normal  0.740164 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2057  excinuclease ABC subunit C  50.56 
 
 		 113 aa  87.8  5e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.405746 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05260  endo/excinuclease amino terminal domain protein  46.43 
 
 		 98 aa  87.4  6e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.509703  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05250  endo/excinuclease amino terminal domain protein  47.31 
 
 		 107 aa  87.4  7e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0358  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  49.45 
 
 		 96 aa  86.3  1e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2602  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.57 
 
 		 97 aa  86.3  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000820325  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4684  excinuclease ABC subunit C  44.94 
 
 		 99 aa  86.3  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0916  excinuclease ABC subunit C  51.76 
 
 		 95 aa  85.5  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2291  excinuclease ABC subunit C  46.07 
 
 		 95 aa  85.1  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.361879  normal  0.317834 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0883  excinuclease ABC subunit C  43.16 
 
 		 114 aa  84.7  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227593  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2889  excinuclease ABC subunit C  47.19 
 
 		 95 aa  84.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0492999  normal  0.0570349 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0039  hypothetical protein  47.19 
 
 		 97 aa  84  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0717  hypothetical protein  47.19 
 
 		 97 aa  84  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0882  hypothetical protein  47.19 
 
 		 97 aa  84  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1812  hypothetical protein  47.19 
 
 		 97 aa  84  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1852  hypothetical protein  47.19 
 
 		 97 aa  84  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1944  hypothetical protein  47.19 
 
 		 97 aa  84  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2051  hypothetical protein  47.19 
 
 		 97 aa  84  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2896  hypothetical protein  47.19 
 
 		 97 aa  84  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2181  excinuclease ABC subunit C  44.57 
 
 		 113 aa  84  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00892068  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0331  hypothetical protein  47.19 
 
 		 97 aa  83.6  8e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1975  excinuclease ABC subunit C  48.35 
 
 		 118 aa  83.6  8e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05270  hypothetical protein  52 
 
 		 100 aa  83.2  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0893  excinuclease ABC subunit C  44.94 
 
 		 99 aa  82.4  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0841998  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4264  excinuclease ABC subunit C  44.57 
 
 		 95 aa  80.1  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.604611  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2878  excinuclease ABC subunit C  46.07 
 
 		 95 aa  78.2  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00418139  hitchhiker  0.000396722 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0895  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.71 
 
 		 99 aa  76.6  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2914  excinuclease ABC subunit C  42.22 
 
 		 101 aa  76.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00677745  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1277  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.94 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.129449  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09001  hypothetical protein  43.84 
 
 		 80 aa  68.6  0.00000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.410175  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2997  excinuclease ABC subunit C  40 
 
 		 95 aa  67  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.867299  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1655  excinuclease ABC subunit C  47.37 
 
 		 98 aa  67  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3906  excinuclease ABC subunit C  52.38 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647444  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4036  hypothetical protein  51.67 
 
 		 79 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.420287  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1648  excinuclease ABC subunit C  38.89 
 
 		 117 aa  58.2  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.732413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2245  excinuclease ABC subunit C  45.45 
 
 		 108 aa  55.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.94 
 
 		 80 aa  53.9  0.0000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  39.51 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.42 
 
 		 77 aa  52.8  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1913  hypothetical protein  31.4 
 
 		 116 aa  51.6  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.915766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4267  excinuclease ABC subunit C  38.64 
 
 		 180 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  40.3 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4129  excinuclease ABC subunit C  43.42 
 
 		 127 aa  49.3  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.91 
 
 		 88 aa  48.9  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  36 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  36 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0972  GIY-YIG nuclease superfamily protein  30.59 
 
 		 105 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  35.21 
 
 		 91 aa  47  0.00008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1011  GIY-YIG nuclease superfamily protein  32.86 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01100  hypothetical protein  37.5 
 
 		 67 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  41.18 
 
 		 84 aa  46.2  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0980  GIY-YIG nuclease superfamily protein  29.89 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2759  excinuclease ABC subunit C  43.28 
 
 		 103 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00570056  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.67 
 
 		 84 aa  46.2  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>