266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0628 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0778  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
218 aa  447  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0628  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
218 aa  447  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2153  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  62.04 
 
 
225 aa  272  3e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1519  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  59.81 
 
 
214 aa  250  1e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000729179 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1067  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.44 
 
 
211 aa  209  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0423  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
211 aa  207  8e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.190408  normal  0.079885 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0155  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.13 
 
 
211 aa  205  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.923059  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0363  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.42 
 
 
216 aa  204  6e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.138758  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
214 aa  203  2e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2817  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.6 
 
 
211 aa  203  2e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.878112  normal  0.0808941 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0443  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.09 
 
 
218 aa  202  3e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.732477  normal  0.141335 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1895  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.6 
 
 
217 aa  201  5e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.85169  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.04 
 
 
214 aa  201  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000501004 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0767  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.9 
 
 
212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.127871 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0359  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0016328  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0787  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.95 
 
 
212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.222265 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0107  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000023808  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0659  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0194138  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2494  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00659427  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0904  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
214 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0158513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1061  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
214 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.040983  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.52 
 
 
265 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000096585  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0901  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
214 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.901665  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.95 
 
 
212 aa  197  7.999999999999999e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0514  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
212 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.439872  normal  0.298122 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5900  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.96 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495337 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.414052  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2568  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1068  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.82 
 
 
210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326405  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0332  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.13 
 
 
211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.207205 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2592  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.48 
 
 
214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.984906 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2888  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.29 
 
 
210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.877962  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0728  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.44 
 
 
214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2372  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.95 
 
 
229 aa  196  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2487  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
214 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.262881 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0557  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.12 
 
 
214 aa  195  5.000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.365319  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0186  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
213 aa  193  1e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626116  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2616  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
214 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.24 
 
 
212 aa  192  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.554957  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2642  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.04 
 
 
212 aa  192  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1243  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.79 
 
 
213 aa  191  7e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0527508 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3559  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.2 
 
 
239 aa  191  8e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.41957 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3221  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.76 
 
 
213 aa  189  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110352  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0555  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.44 
 
 
212 aa  188  5.999999999999999e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.410968  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0531  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.26 
 
 
216 aa  187  8e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0930  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.06 
 
 
212 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.06 
 
 
212 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0857  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.6 
 
 
222 aa  187  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0416  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.48 
 
 
208 aa  186  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.867273  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0848  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.63 
 
 
217 aa  186  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2564  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.56 
 
 
212 aa  186  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.252364  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0741  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.28 
 
 
213 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.643542  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2931  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.95 
 
 
224 aa  186  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0424  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.96 
 
 
208 aa  185  4e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3944  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.56 
 
 
215 aa  185  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000793587  normal  0.125259 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2803  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.08 
 
 
225 aa  185  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00595972  normal  0.551671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50800  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.34 
 
 
215 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587779 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4331  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.87 
 
 
215 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262405  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1389  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.06 
 
 
212 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2059  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.86 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0352298  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2989  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.15 
 
 
215 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.274237  normal  0.310077 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1205  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.22 
 
 
212 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1881  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.56 
 
 
217 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2893  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.23 
 
 
213 aa  182  4.0000000000000006e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0163  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.93 
 
 
211 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.265005  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4533  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.02 
 
 
202 aa  181  7e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.387891  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0765  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.55 
 
 
213 aa  181  7e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0705195  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1772  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.44 
 
 
217 aa  181  8.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.382068  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2555  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.44 
 
 
217 aa  181  9.000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.185253  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1880  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.44 
 
 
240 aa  180  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0724  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.5 
 
 
209 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.690849  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2058  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.6 
 
 
217 aa  179  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.448099 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4286  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.34 
 
 
215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1307  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.6 
 
 
212 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1129  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.34 
 
 
215 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00425892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1165  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.34 
 
 
215 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0622  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.48 
 
 
213 aa  178  5.999999999999999e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.318337  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1262  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  39.72 
 
 
212 aa  178  5.999999999999999e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1693  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
233 aa  177  7e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0861149  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0394  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.83 
 
 
215 aa  177  8e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.17512  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1775  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.06 
 
 
215 aa  177  1e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0503905 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01608  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.23 
 
 
218 aa  176  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2002  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.23 
 
 
218 aa  176  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000269962  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0594  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.88 
 
 
206 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1229  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.45 
 
 
215 aa  176  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1991  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.23 
 
 
218 aa  176  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0105907 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01598  hypothetical protein  44.23 
 
 
218 aa  176  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1436  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.19 
 
 
215 aa  176  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2922  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.12 
 
 
211 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.969034 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1714  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.23 
 
 
218 aa  176  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.243328  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2463  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.99 
 
 
216 aa  176  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2218  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.52 
 
 
217 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000558719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1726  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.06 
 
 
232 aa  176  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.230905  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1561  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.23 
 
 
218 aa  176  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001014  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.54 
 
 
211 aa  175  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1150  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.34 
 
 
215 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.343525  normal  0.105039 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4295  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.23 
 
 
214 aa  175  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2350  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.75 
 
 
218 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0623202  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0829  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.92 
 
 
212 aa  175  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4664  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.23 
 
 
214 aa  175  5e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.187726 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>