18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1198 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1198  putative DNA-binding protein (Roi)  100 
 
 		 275 aa  568  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3542  DNA-binding protein Roi  50 
 
 		 240 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.206304  hitchhiker  0.00000000735314 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1250  hypothetical protein  57.94 
 
 		 235 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000878472  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3359  phage-encoded protein-like  40.93 
 
 		 259 aa  122  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2913  Roi protein  37.36 
 
 		 240 aa  109  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00203388  hitchhiker  0.00000000000553867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3073  prophage antirepressor  51.85 
 
 		 270 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.229766  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1070  AntA/AntB family antirepressor  35.92 
 
 		 247 aa  104  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3775  hypothetical protein  33.04 
 
 		 271 aa  91.7  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.000000000361227  hitchhiker  0.000220505 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2408  phage-encoded protein-like  32.46 
 
 		 254 aa  89.7  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.665477  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1974  phage regulatory protein, Rha family  33.33 
 
 		 256 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452898  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1690  uncharacterized phage-encoded protein  25.3 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637795 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1112  DNA-binding protein Roi  25.61 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000052914  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0306  DNA-binding protein Roi  25.61 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000394975  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1435  DNA-binding protein Roi  25 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0871  BRO domain-containing protein  30.53 
 
 		 255 aa  52  0.000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0855  prophage antirepressor  30.53 
 
 		 255 aa  52  0.000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1227  hypothetical protein  35.96 
 
 		 200 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.581429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1864  prophage antirepressor  27.33 
 
 		 293 aa  49.3  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.886046 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>