22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2408 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2408  phage-encoded protein-like  100 
 
 		 254 aa  525  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.665477  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3359  phage-encoded protein-like  80.31 
 
 		 259 aa  417  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3775  hypothetical protein  38.77 
 
 		 271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.000000000361227  hitchhiker  0.000220505 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3542  DNA-binding protein Roi  43.22 
 
 		 240 aa  132  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.206304  hitchhiker  0.00000000735314 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2913  Roi protein  45.13 
 
 		 240 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00203388  hitchhiker  0.00000000000553867 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1250  hypothetical protein  38.02 
 
 		 235 aa  99  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000878472  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1690  uncharacterized phage-encoded protein  32.16 
 
 		 236 aa  96.7  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637795 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01961  hypothetical protein  31.91 
 
 		 222 aa  94.7  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1198  putative DNA-binding protein (Roi)  32.46 
 
 		 275 aa  89.7  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2183  phage regulatory protein  30.4 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.408291 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6402  anti-repressor protein  38.64 
 
 		 88 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3395  phage-encoded protein  25 
 
 		 249 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000514274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0879  phage antirepressor protein  35.92 
 
 		 257 aa  48.9  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00137369  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1435  DNA-binding protein Roi  30.65 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1112  DNA-binding protein Roi  34.12 
 
 		 247 aa  47.8  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000052914  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0306  DNA-binding protein Roi  34.12 
 
 		 247 aa  47.8  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000394975  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4013  BRO domain-containing protein  36.36 
 
 		 284 aa  47.4  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0817  phage regulatory protein, Rha family  31.58 
 
 		 241 aa  47.8  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.426302  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2652  Rha family phage regulatory protein  23.18 
 
 		 290 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1804  prophage antirepressor  28.83 
 
 		 244 aa  45.4  0.0009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1864  prophage antirepressor  26.73 
 
 		 293 aa  45.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.886046 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2481  hypothetical protein  26.42 
 
 		 255 aa  43.9  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0996832 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>